В начале 1551 г. в царских палатах Москвы начал работу Стоглавый Собор, созванный митрополитом Макарием. На нем рассматривались самые различные вопросы, касающиеся внешности христианина и его поведения и благочестия, церковного благочиния и дисциплины, иконописи и духовного просвещения. После Собора в различные пределы русской митрополии были посланы наказные грамота, которые затем были положены в основу соборных постановлений при их составлении и редактировании. Собор получил в истории именование Стоглавого, т. е. его материалы изложены в ста главах.

Известно, что святитель Макарий прилагал большие усилия в деле искоренения различных лжеучений. На Соборе 1553 г. была осуждена ересь Матфея Башкина и Феодосия Косого, учивших, что Христос не является Богом, они не почитали икон и отвергали церковные Таинства.

Святитель Макарий внес огромный вклад в развитие древнерусской письменности. Еще в Новгороде он продолжил труды архиепископа Геннадия (+ 1505; пам. 4 дек.). И если архиепископ Геннадий собрал воедино библейские книги, то владыка Макарий поставил целью собрать вообще всю «чтомую» на Руси духовную литературу. Начал он свой труд по систематизации русской церковной литературы в 1529 г. Это начинание получило в истории именование Великие Макарьевские Четьи Минеи. Их первая редакция была вложена в новгородский Софийский собор в 1541 г., вторая в 50-х годах дана вкладом в кремлевский Успенский собор, а третью позднее получил первый русский царь. В Минеях собраны и отредактированы разные списки житий множества святых, гомилетическое, богословское и патриотическое наследие Русской Церкви.

Митрополит Макарий руководит работой не только редакторов-переписчиков, но и авторов духовных сочинений. Так, он повелевает протопопу из кремлевского храма Спаса на Бору Ермолаю написать книгу о Пресвятой Троице и житие епископа Василия Рязанскою. По инициативе святителя был создан первый систематический труд по русской истории — «Книга степенная царского родословия», непос-редственно над составлением которой трудился царский духовник — протопоп Благовещенского собора Андрей (в монашестве Афанасий), будущий митрополит, преемник и продолжатель трудов святителя Макария. Особо близок, очевидно, к митрополиту Макарию был плодовитый писатель Древней Руси иерей Василий, в иночестве Варлаам, прославлявший своими гимнографическими и агиографическими трудами псковских святых.

Святитель Макарий стал покровителем печатного дела на Руси, при нем в Русском государстве впервые начинается печатание книг клириком церкви святителя Николы Гостунского в Кремле диаконом Иваном Федоровым. В послесловии Апостола 1564 г., вышедшей уже после кончины святителя, и в двух изданиях Часослова 1565 г. говорится, что они также напечатаны «благословением преосвященного Макария, митрополита всея Руси». Эти книги в то время не только читались в храмах, по ним еще и учились грамоте.

Святитель Макарий, столько сил отдавший прославлению русских святых, по милости Божией удостоился в своей повседневной деятельности постоянного общения с благочестивыми мужами, которые позднее были канонизированы Русской Церковью. По его бла-гословению была основана обитель преподобным Адрианом Пошехонским ( +1550; пам. 5 марта), которого митрополит сам рукоположил и дал ему грамоту на возведение церкви Успения Богоматери.

Современником святителя Макария был удивительный святой, которого москвичи называли нагоходцем,— Василий Блаженный ( пам. 2 авг.). Он неоднократно молился на службах в Успенском соборе, совершаемых митрополитом. Знаменательно его обличение царя, когда после Божественной литургии в многолюдном храме блаженный удивил самодержца, помышлявшего во время службы о построении себе нового дворца, заметив, что «за литургией никого не было, но токмо трое: первый митрополит, вторая — благоверная царица и третий он, грешный Василий». Позднее святитель сам лично отпевал и погребал блаженного. «Преосвященный Макарий митрополит со священным Собором псалмы и песни надгробные певше над мощами святого, погребоша его честно»,— читаем в житии святого Василия.

3 февраля 1555 г. святитель Макарий поставляет на новую Казанскую кафедру святителя Гурия (+1563; 4 окт.), другого же своего современника, преподобного Макария Римлянина, Новгородского (ХVI в; пам. 19 янв.), еще раньше посвящает в игумены основанного им монастыря.

Особо следует остановиться на взаимоотношениях митрополита с великим русским подвижником XVI в. преподобным Александром Свирским (+1533; пам. 30 авг.). Преподобный Александр, которого Сам Господь почтил Тройческим снисхождением — посещением, был знаком митрополиту, чтившему его труды и подвиги еще с новгородского периода. Перед своей кончиной преподобный Александр поручил святителю Макарию заботиться о своей братии и основанном монастыре. Через 12 лет после кончины преподобного митрополит повелевает свирскому игумену Иродиону написать его житие, а еще через 2 года, т. е. всего 14 лет после кончины, на Соборе 1547 г., проходит канонизация святого. Преподобный Александр, таким образом принадлежал одновременно и к числу тех, кого канонизовал святитель Макарий, и к числу тех, с кем он общался в своей жизни. В Покровском соборе на Красной площади (храм Василия Блаженного) в 1560 г. святителем Макарием был освящен в честь преподобного Александра Свирского. С именами этих двух святых связно одно малоизвестное повествование игумена Иродиана. Он писал: «Во едину от нощей стоящу мне смиренному Иродиону в келлии своей во обычном своем правиле, и во молитве моей воздремавшуся возлегох на одре моем препочинути, и уснул: и абие явися внезапу в оконце келлии свет велий сияющ. Аз же воспрянух, преклонихся ко оконцу, увидеть хотя; и увидех лучу некую велию сияющу по всему монастырю, и от церкви святыя Богоматере честнаго ея Покрова видех грядуща преподобнаго отца Александра по монастырю круг церкви Святыя Троицы, и в руках несуща Животворящий Крест Господен: пред ним же идяху отроцы, в одежду белу оболчены, в руках несуще свещи горящия. И се слышах преподобнаго отца Александра гласом тихим глаголюща: «О Макарие, гряди во след мене, и покажу ти место на вратех монастыря, на немже хощу, да созиждется церковь Николаа, Мирликийских Чудотворца. Аз же прилежно внимах гласу том; и се видех два мужа зело светолепна во след святаго идуща и ведуща конь, впряжен в сани, и в них седяща Макариа, митрополита Московскаго (иже прежде бысть архиепископ Великаго Новаграда, знам же бяше тогда преподобному), в руках же своих держаща образ святаго Николаа Чудотворца, и око ему десное затворено бяше. Аз же сия видев, страха же и радости исполнен быв, текох скоро из келлии, и едва достигох Митрополита Макариа, и поклонихся ему, и вопросих его, глаголя: «О святый Владыко, повеждь ми, како тебе затворилося десное око?» И слыша паки преподобнаго Александра гласяща к себе митрополита, иже скоро грядуще во след преподобнаго. Егда же преподобный прииде ко дверем церкве Святыя Троицы, и знамена Честным Крестом, абие отверэошася двери, и внидоста оба в церковь; и паки затворится двери церкове, и ктому невидимы быша».