В 1542 г. в Русской Церкви встал вопрос об избрании на Московскую кафедру нового митрополита. Промыслом Божиим выбор пал на Новгородского владыку. «По благодати Святаго Духа избранием святительскым и изволением великаго князя Ивана Васильевича всея Русии наречен на митрополию Макарий, архиепископом Великаго Новаграда и Пскова; марта 16, в четверток 4 недели святаго поста, възведен на двор митрополичь, а поставлен на высокый престол первосвятительства великиа Росиа на митрополию того же месяца марта 19, в неделю 4 святаго поста»,— читаем мы в Никоновской летописи. Ко времени избрания святителя Макария на престол Московских чудотворцев Петра, Алексия и Ионы ему было около 60 лет.

В XVI в. Россия была единственной православной страной, над которой не тяготело иноземное иго. И вот в 1547 г. в Москве, оплоте православия, впервые в истории состоялось царское венчание Московского государя, которое совершил святитель Макарий. Событие это имело особое значение, так как оно было совершено в Москве, а не в Константинополе, и совершилось митрополитом, а не патриархом. Теперь православные всего мира с надеждой и упованием взирали на единственного в мире православного царя.

Незадолго перед казанским походом царь, озабоченный возникшим в новооснованном городе Свияжске бедствием, обращается к митрополиту с вопросом, как помочь случившейся беде. На что святой старец дерзновенно отвечает: «Да принесутца мощи всех святых в церковь соборную, да совершица над ними служба и святится с них вода, да пошлетца тобою, государем, нашим смирением хто от священник на Свиягу к Пречистей честнаго Ея Рождества и всем церквам да такоже молебные службы совершатся и святят воды съвокупят въедино, да святят город крестным обхождением и водами святыми, и всех людей оградят крестом и водою кропят, да негли Христос за молитвы святых Его утолит праведный Свой гнев, да и к живущим в град послати поучение, в чем якоже человецы согрешиша, да поне мало предстанут от злоб своих». После молебна митрополит Макарий написал учительное послание во Свияжский град. В нем он побуждает жителей ревностно исполнять христианские традиции, памятуя страх Божий и избегая греховных поступков. Освященная на молебне вода вместе с посланием была послана в 1552 г. в Свияжск, где болезнь и нестроения в гарнизоне молитвенным предстательством святителя Макария вскоре стали прекращаться.

В 1552 г. митрополит Макарий благословил царя идти на Казань и предсказал ему грядущую победу и одоление. Позднее в память об этом событии был построен в Москве собор Покрова на Рву, известный ныне как храм святого Василия Блаженного. В нем был устроен придел в честь Входа Господня в Иерусалим. Глава Русской Церкви сам освятил этот дивный собор, жемчужину русской архитектуры. Сюда, на Красную площадь, в воспоминание евангельского события святитель совершал торжественное шествие на осляти в праздник вербного воскресения. После казанской победы в Русской Церкви была создана новая обширная епархия, в которой началась миссионерская деятельность с поставленном туда первого Казанского святителя — архиепископа Гурия (+ 1563; пам. 5 дек.).

В 1547 и 1549 гг. святитель созывает в Москве Соборы, которые по праву остались в истории Русской Церкви с именем Макарьевских. На них решался вопрос прославления русских святых. До этого прославление святых осуществлялось на Руси по благословению и властью местного архиерея, поэтому подвижники почитались лишь в землях своих трудов и подвигов. Митрополит Макарий же, которого современники называли мучениколюбцем, созывая Соборы, подъял на себя великий труд установления общецерковного прославления и почитания святых угодников Божиих. Макарьевские соборы 1547 г. явили целую эпоху в истории Русской Церкви, «эпоху новых чудотворцев». Так называли тогда всех новоканонизованных русских святых. Эти Соборы вызвали большой духовный подъем в русском обществе.

На Макарьевских Соборах были канонизованы первый автокефальный митрополит Иона, Новгородские иерархи Иоанн, Иона, Евфимий, Никита, Нифонт; благоверные князья Александр Невский, Всеволод Псковский, Михаил Тверской; столпы монашества - преподобные Пафнутий Боровский, Макарий Калязинский, Александр Свирский, Никон Радонежский, Савва Сторожевский и др. Хронология этих имен охватывает чуть ли не весь период христианства на Руси к тому времени, их литургическое прославление показывает многообразие их спасительных подвигов. К их молитвенному предстательству с усердием о6ращались русские люди.

Прославление подвижников требовало написания им новых служб с литургическими указаниями типиконного характера о порядке их совершения, а также создания вновь или редактирования ранее написанных их житий. Всем этим занимается первосвятитель Макарий славы ради Божией и Его святых угодников, которых «Господь Бог прославил многими чудесы и различными знаменми». Историк Е.Е. Голубинский пишет, что в 20-летнее правление митрополита Макария «было написано житий святых почти на одну треть больше, чем во все предшествующее время от нашествия монголов, а если считать новые редакции прежних житий, то почти в два раза больше».