Это благодатное явление двух светильников духа, записанное агиографом, интересно для нас и тем, «что оно свидетельствует о несчастье, случившемся с митрополитом, о «затворенном его десном оке». Это несчастье с ним могло случиться во время великого пожара в Москве в 1547 г. Покидая Успенский собор, в котором он чуть не задохнулся от дыма, святитель вынес из него образ Богородицы, написанный чудотворцем Петром. За ним шел соборный протопоп с книгой церковных правил. Все лица, сопровождавшие митрополита, погибли от ожогов и удушья. Святитель же чудом спасся, но при пожаре, как записал современник «опалеста ему очи от огня», так что, очевидно, правое око его совсем перестало видеть.

После того пожара в Кремле ведутся большие восстановительные работы, восстанавливаются пострадавшие храмы, которые святитель освящает сам. По его указанию строятся также храмы в Костроме, Пскове, Тихвинском монастыре и других местах.

В 1555 г. на праздник апостолов Петра и Павла из Вятки в Москву приносится чудотворная икона святителя Николая Великорецкого. Промыслом Божиим поновлял эту великую святыню митрополит Макарий с благовещенским протопопом Андреем, «бе бо иконному писанию навычен». Святитель трудился со многим желанием и верою, постом и молитвою над поновлением святого образа великого чудотворца.

Митрополит Макарий постоянно заботился не только о всей пастве, но и о каждом человеке, милостивно относясь к отдельным, даже заблудшим, чадам Церкви. Так, однажды, в Успенском соборе, после вечернего богослужения некто «вражьим научением умысли кражу сотворити», но невидимой силой был удержан и не смог этого сделать. Утром его обнаружили и, когда пришел митрополит Макарий, ему рассказали, как в церкви застали вора. Однако святитель повели отпустить его, но земские судьи хотели по закону судить преступника. Тогда митрополит строго воспретил это делать и послал церковного сторожа проводить «татя» в безопасное место. Придя на Кулишки, к церкви Всех святых, тот стал ходить там с неистовым видом и вскоре умер. Некоторые роптали на митрополита за то, что вора отпустили безнаказанно, но святитель не досадовал на них, а тело умершего повелел предать погребению.

Основой добродетельной жизни митрополита Макария был повседневный труд подвижничества, поста и молитвы. Один из неизвестных его современников писал: «Митрополиту же святейшему Макарью на Москве неподвижно живущу и правящу Слово Божие истинное... от зольного воздержания и елико ему едва ходити, кроток же и смирен, и милостив по всему, гордости же отнюдь ненавидяще, но иным отсекаше и запрещаше, злобою отроча обреташеся умом всегда совершен бываше». О высоте его духовной жизни свидетельствуют и случаи прозорливости. Он предсказал взятие русскими войсками Казани в 1552 г. и Полоцка в 1563 г.

Известно, что митрополит провидел грядущие бедствия Русской земли, которые принесли ей многочисленные бунты бояр и духовенства против царя, последовавшие после его блаженной кончины, и смутное время 1598-1612 годов. «Не в кую нощную годину стояще святителю на обычной молитве и глагола великом гласом: «Ох, мне, грешному, паче всех человек! Како мне видети сие! Грядет нечестие и разделение земли! Господи, пощади, пощади! Утоли свой гнев! Аще не помилуеши ны за грехи наши, ино бы не при мне, по мне! Не дай, Господи, видети сего!» И слезы испущаше велии. И слышащу тогда его келейнику, некоему духовну, и удивися сему, и помышляше в себе: «С кем глаголет?» И не виде никого же и удивися о сем. И глагола ему духовно о сем: «Грядет нечестие, и кровоизлияние, и разделение земли». Это важное сообщение пискаревского летописца сближает образ митрополита Макария со вселенскими патриархами Геннадием (458—471; пам. 31 авг.) и Фомой (607—610; пам. 21 марта), которые усердно молились, чтобы Господь отвратил грядущие для Церкви и народа бедствия, по крайней мере, во время их святительства.

Однажды попросил грозный царь митрополита Макария прислать ему душеполезную книгу. Получив же Чин погребения, он удивился и  сказал святителю: «Прислал еси ко мне погребален, а в наши царьские чертоги такие книги не вносятца». И рече ему Макарий: «Аз, богомолец твой, послал спроста по твоему приказу, что еси велел прислати книгу душеполезную; и та всех полезней: аще кто ея со внимание[м] почитает, и тот во веки не согрешит».

В середине сентября 1563 г., на память мученика Никиты (+372; пам. 5 сент.), святитель совершал крестный ход, во время которого сильно простудился и заболел. Вечером он «нача сказывати старцом своим, что изнемогает зелне, тело его студено со болезнью одержимо суть». Он повелел сообщить о своей немощи в место своего пострижения, в Пафнутиево-Боровский монастырь, и попросить игумена прислать ему старца духовного. К святителю был прислан старец Елисей, который, несомненно, знаменовал собой заболевшему иерарху самого препо-добного Пафнутия, имевшего обычаи духовно утешать перед кончиной болящих, исповедуя их и подготавливая к отходу в иной мир.