4 ноября святитель в последний раз молился в Успенском соборе и во время молебна сам прикладывался к иконам и мощам великих чудотворцев Петра, Ионы и других преосвященных митрополитов, погребенных в соборе, при этом слезы сердечные из очей его текли, и много времени молитвенно воздыхал старец владыка перед образом Пречистой Богородицы Владимирской, так что все предстоящие дивились чудному его молению. Затем святитель у всех смиренно испросил прощения.

3 декабря к Митрополиту Макарию пришел царь просить благословения. Святитель поведал ему о намерении удалиться в место своего пострижения — Пафнутиево-Боровский монастырь, но царь уговорил его остаться на кафедре. Перед самой кончиной митрополит выразил желание царю об удалении в обитель, даже написал ему об этом в письме, но по воле царя вынужден был вновь от этого отказаться. Наступил праздник Рождества Христова, но жизнь святителя уже гасла. Он не мог больше сам читать Евангелие, что делал всю жизнь, и теперь Священное Писание читали по его просьбе близкие ему духовные лица.

И вот 31 декабря 1563 г., когда колокол ударил к заутрени, «преосвященный же дивный святитель и пастырь Русския митрополия Всея Русии предаде душу свою в руце Живаго Бога, Егоже возлюби из младых ногтей и взем ярем Его последова невозвратным помыслом». Когда перед выносом тела из митрополичьих покоев открыли его лицо, то оно было «яко свет сияя, за его чистое, и непорочное, и духовное, и милостивое житие и за прочая добродетели, не яко мертвецу, но яко спяща видети». Все дивились этому чудному видению, вознося славу Богу, прославившему Своего угодника. « Блаженны, умирающие в Господе; ей, говорит Дух, они успокоятся от трудов своих, и дела их идут вслед за ними» (Откр. 14, 3).

Отпевали святителя 5 архиереев в присутствии царя и множества народа. После этого была прочитана первосвятительская прощальная грамота, которую перед концом своей жизни написал митрополит, прося у всех молитв, прощения и даруя всем свое последнее архипас-тырское благословение.

Так кончил свою дивную жизнь великий устроитель Русской Церкви — Московский митрополит Макарий, почитание которого началось сразу же после его кончины. Вскоре на гробнице появилась и первая икона святителя. Известно, что, возвратившись из Литовского похода 1564 г., царь прикладывался в Успенском соборе к образам святителей Петра, Ионы и Макария, «любезно их целоваше».

Имя святителя начиная с XVII в., встречается в «Сказании о святых иконописцах», где говорится: «Святый, и предивный, и чудный Макарий, митрополит Московский и всея России чудотворец, писаше многие святые иконы, и книги, и жития святых отцев во весь год, Минеи Четьи, яко ин никто ж от святых российских написа и праздновати повеле российских святых, и на Соборе правило изложи, и образ Пресвятой Богородицы Успения написа».

Последние дни жизни, кончина и погребение святителя были описаны в особой повести, которая дошла до нас в 7-ми списках, причем ранние — в составе Хронографа. Сохранилось также и его рукописное житие.

Самое раннее прижизненное изображение святителя Макария находится на четырехчастной иконе 1547 г. в Благовещенском соборе в Кремле. В левой нижней части ее среди других известных лиц написаны царь и митрополит. Другое прижизненное изображение 1560 г. было создано в алтаре Успенского собора Свияжского монастыря на фреске «Да молчит всяка плоть человеческая...».

На иконах святитель изображается сухим, высоким, седым старцем. «Митрополит Макарий, стар и сед, в золотом саккосе и зеленом омофоре, на котором черные с золотом кресты; на голове святительская шапка, верх с разноцветными камнями; тушь белая, сбоку его надпись: «О агиос Макарий митрополит»; сияние над святителем празелень».

«С преподобным преподобен будеши, и с мужем неповинным неповинен будеши. И со избранным избран будеши (Пс. 17, 26-27)»,- говорит псалмопевец и пророк Давид. Постоянно общаясь со святыми подвижниками, Митрополит Макарий явил пример веры и высоты архипастырского служения. Он заботился о духовном просвещении своей паствы. Прославив столько русских святых, он и сам ныне предстоит престолу Живоначальной Троицы.