На новом высоком поприще владыка Макарий заботится о миссионерском просвещении северных народов огромной Новгородской земли. Он неоднократно посылает туда священников для проповеди Евангелия, повелевая разорять языческие требища, искоренять языческие обряды и все кропить святой водой. Святительская грамота с этими, по выражению архиепископа Филарета (Гумилевского; ( 1866 ), есть поистине «памятник апостольских трудов Макария для распространения света Христова между оставшимися язычниками». Благословение на миссионерские труды на самом севере Новгородской области, а также антиминс, священные сосуды и книги получил от святителя преподобный Трифон Печенгский (+ 1583; пам. 15 дек.).

В 1528 г., на второй год своего архиерейского служения, святитель Макарий, исполняя постановление Московского Собора 1503 г., предпринимает решение о введении общежительного устава во всех новгородских монастырях. Собрав настоятелей, он «нача их учити, яко от Живоначальныя Троицы, от вышняя Премудрости научением, еже им устрояти общее житие». С этого времени игумены, восприняв добрый совет боголюбивого архиепископа, стали вводить в своих монастырях общежительный устав, начали ставить каменные или деревян-ные церкви и вводить общие трапезы. По замечанию летописца, в обителях сразу возросло число иноков.

Большую заботу проявил святитель о создании и украшении храмов в своей епархии и, прежде всего, в Великом Новгороде. Он благоустраивает кафедральный Софийский собор, над входом в когорт по его благословению были написаны образы Пресвятой Троицы и святой Софии, Премудрости Божией, «на поклонение всем православным христианам». Владычные мастера устанавливают в соборе амвон, изготавливают новые царские врата с богато украшенной завесой. Всего при святителе Макарии только в Новгороде строятся, перестраиваются и вновь украшаются после пожаров около сорока храмов, для которых пишутся книги, изготавливается церковная утварь и сосуды во владычной мастерской.

Получив еще в Пафнутиево-Боровском монастыре навык иконописания, святитель, как о том сообщается в летописи под 1529 г., «поновляет» великую святыню Новгородской земли — икону Богоматери «Знамение», которая сильно обветшала к тому времени. После окончания работы он сам с крестным ходом проводил икону в Спасский храм на Торговой стороне, где она постоянно находилась для поклонения благочестивым новгородцам.

Являясь пастырем чад церковных, святитель Макарий много сил и забот отдавал служению ближним, равно относясь к богатым и бедным, малым н великим. О сам хоронит сгоревших в тюрьме во время пожара, собирает по епархии деньги для выкупа соотечественников из татарского плена, посылает великому князю Василию III часть свечи, чудесным образом возгоревшейся у мощей преподобного Варлаама Хутынского. Во время приключившихся в Великом Новгороде народных бедствий, мора и засухи, деятельный архипастырь созывает клир, произносит проповеди, совершает молебны с особым чином омовения святых мощей и затем велит кропить все в окрестностях этой водой. Вскоре мор и эпидемия прекращаются. Своей многотрудной деятельностью архиепископ Макарий снискал великую любовь у пасомых чад.

В 1542 г. по повелению святителя Макария на владычнем дворе строится храм святителя Николая, которого архиепископ особо чтил, как покровителя путешествующих. Он сам неоднократно совершал длительные поездки как по всей епархии, так и за ее пределы: например, в 1539 г. ездил в Москву, где возглавлял избрание и поставление нового Всероссийского митрополита — святителя Иоасафа (1539-1542; ( 1555; пам. 27 июля), избранного из настоятелей Троице-Сергиева монастыря.

По благословению святителя в Новгороде пишутся жития и службы русским святым. Иеромонах Илия из домовой владычной церкви составил житие мученика Георгия Болгарского (+ 1515; пам. 26 мая), а также написал канон и службу Михаилу Клопскому (+ ок. 1456; 11 янв.). Его житие было написано Василием Михайловичем Тучковым, в 1537 г. прибывшем в Новгород из Москвы по государеву делу. «В то бо время престол тогда украшающу Премудрости Божие воистину блаженьства тезоименитому архиепископу Макарию, иже многиа его ради добродетели во всей России слава о нем прихожаше». Владыка Макарий обратился к нему со словами: «Тайну цареву, чадо, храни, а дела Божия ясно напиши» (Тов. 12, 7) и «распространи житие и чюдеса преподобнаго и блаженнаго Михаила, нарицаемого Саллоса, жившего блаженную жизнь у Живоначальной Троицы на Клопкы». Созданные жития явились назидательным чтением для благочестивых новгородцев.

В период архипастырства святителя по его благословению в Великом Новгороде составляется новый летописный свод. Племянник преподобного Иосифа Волоцкого, инок Досифей Топорков, работает над исправлением текста Синайского Патерика, который затем был включен святителем в Великие Четьи Минеи; позднее инок Досифей написал Волоколамский Патерик и составил Хронограф. Софийский священник Агафон составляет в 1540 г. новую Пасхалию на всю восьмую тысячу лет. И множество иных «плодов добрых» (Мф. 7, 17) принесла многотрудная деятельность подвижника-архипастыря.