В течение трех лет после октябрьского переворота семья Муравьевых проживала по большей части за городом. Еще в 1906 году Василий Николаевич приобрел большой двухэтажный дом-дачу в живописном поселке Тярлево, расположенном между Царским Селом и Павловском. До 1920 года он стал главным пристанищем Василия и Ольги — оставаться в столице было крайне опасно. Мятеж и перемена власти лишили Муравьевых торгового дела, и в этот период времени Василий Николаевич, свободный от мирских забот, как бы подытоживает прожитые годы, погружается в чтение творений святых отцов, изучение монастырских уставов и богослужебных книг, уединенную молитву.

Верный ученик преподобного Варнавы Гефсиманского сперва собирался поступить в Свято-Троицкую Сергиеву лавру, чтобы подвизаться у мощей своего духоносного наставника в Гефсиманском скиту. Однако Господь судил иначе. Василий Николаевич неожиданно получил благословение митрополита Петроградского и Гдовского Вениамина на принятие монашеского пострига в Александро-Невской лавре. Как оказалось, такой поворот дела был для него спасительным. Обитель Преподобного Сергия вскоре была упразднена властями. Так Промыслом Божиим Василий Николаевич остался в Петрограде!

13 сентября 1920 года В. Н. Муравьев подал прошение в Духовный Собор Александро-Невской лавры с просьбой принять его в число братии, на что получил согласие и первое монастырское послушание — послушание пономаря. В это же время послушницей Воскресенского Новодевичьего монастыря стала супруга Василия Николаевича Ольга. Все имевшееся Муравьевы пожертвовали на нужды обителей. Только в лавру Василий Николаевич передал 40 000 рублей в золотой монете — по тому времени целое
состояние!

Уже 26 октября владыка Вениамин благословил постричь в монашество послушника Василия Муравьева одновременно с Ольгой Муравьевой. 29 октября 1920 года наместник лавры архимандрит Николай (Ярушевич) постриг послушника Василия Муравьева в монашество с наречением ему имени Варнава в честь духовного отца, старца Варнавы Гефсиманского. Тогда же в Воскресенском Новодевичьем монастыре Петрограда была пострижена в монашество Ольга Ивановна Муравьева с наречением ей имени Христина.

Вскоре брата Варнаву рукоположили в иеродиакона, поставив заведовать кладбищенской конторой. Послушание на кладбище доставшееся отцу Варнаве, было одним из наиболее сложных в обители. Страну охватило пламя междоусобной брани. Красные убивали белых, белые убивали красных. На Никольском, Тихвинском и Лазаревском кладбищах плач стоял непрестанный. В храмах Александро-Невской лавры отпевание следовало за отпеванием, панихида за панихидой.

Провожать почивших, утешать родных и близких погибших... Это была первая школа духовного врачевания и наставничества, которую прошел будущий отец Серафим, вырицкий старец-утешитель, молитвенник за сирот и страждущих, предстатель пред Господом за всю землю Русскую.

Активное участие принимал отец Варнава в деятельности Александро-Невского братства защиты святой православной веры — самого массового церковно-общественного движения Петрограда начала 20-х годов. Иеромонахи Гурий и Лев (Егоровы), стоявшие у истоков братства, были ближайшими духовными соратниками иеродиакона Варнавы, особенно отец Гурий, впоследствии — митрополит.

Это время для Александро-Невской лавры было крайне тяжелым. Богоборцы постоянно вмешивались в монастырские дела, чинили, как только могли, различные административные препоны.

Тем не менее монашеская жизнь в лавре не только не угасла, но переживала небывалый подъем. Обитель была настоящим центром церковной жизни Петрограда — открылся пункт сбора средств для помощи голодающим, часть помещений лавры была отведена для инвалидов войны, шел сбор пожертвований от богомольцев на содержание детей, оставшихся без родителей, неимущие ежедневно обеспечивались бесплатными обедами. Работу пункта питаний для голодающих вместе с иеромонахом Гурием организовал отец Варнава.

Именно в это время сложились удивительной теплоты отношения между лаврским иеродиаконом Варнавой и митрополитом Вениамином. Смиренный и кроткий, владыка был человеком удивительной доступности. В обычае у него были ежедневные прогулки по Никольскому кладбищу лавры, где находилась контора отца Варнавы. Таким образом подвижники имели возможность часто видеться и беседовать о многом.