В смутное время в келии отца Серафима сходились пути многих людей, ревновавших об истине. Смиренному схимнику было свыше открыто то, чего не мог постичь обычный человеческий ум. «Ныне пришло время покаяния и исповедничества, — укреплял всех отец Серафим, — Самим Господом определено русскому народу наказание за грехи, и пока Сам Господь не помилует Россию, бессмысленно идти против Его святой воли. Мрачная ночь надолго покроет землю Русскую, много нас ждет впереди страданий и горестей. Поэтому Господь и научает нас: терпением вашим спасайте души ваши (Лк. 21, 19). Нам же остается только уповать на Бога и умолять Его о прощении. Будем помнить, что Бог есть любовь (1 Ин. 4, 16), и надеяться на Его неизреченное милосердие...» Многим в ту пору советовал батюшка обращаться к молитве Иисусовой: «Непрестанная молитва покаяния есть лучшее средство единения духа человеческого с Духом Божиим. В то же время она есть меч духовный, истребляющий всякий грех». Старец предвидел усиление открытых гонений, когда вся Россия превратится в единый концентрационный лагерь, и умная Иисусова молитва, которой нельзя забывать его духовным чадам, станет добрым средством спасения христианской души, оказавшейся условиях безбожного государства.

Сразу после выхода известного послания Митрополита Сергия и Священного Синода отец Серафим твердо принял сторону Заместителя Патриаршего Местоблюстителя. Несомненно, что человек, который еще в 1927 году предсказал патриаршество архиепископу Алексию (Симанскому), знал о дальнейшем пути многострадальной Русской Церкви. Всех вопрошавших он всегда уверял в необходимости поминать имя Митрополита Сергия и существующие власти. «Так надо!» — убежденно говорил он, и ненужными становились никакие иные, более подробные объяснения...

На поприще духовника Александро-Невской лавры иеросхимонах Серафим (Муравьев) пребывал почти три года. Во время ежедневных многочасовых исповедей батюшке приходилось подолгу стоять на холодном каменном полу Свято-Троицкого собора. Главный храм лавры в ту тяжелую пору за недостатком дров почти не отапливался, и на стенах часто выступал иней.

Постоянное переохлаждение, неимоверные физические и душевные перегрузки (сколько чужого горя принимал на себя старец!) постепенно дали о себе знать, и здоровье отца Серафима резко ухудшилось. Врачи признали одновременно межреберную невралгию, ревматизм и закупорку вен нижних конечностей. Боли в ногах усилились и стали невыносимыми. Долгое время отец Серафим никому не говорил о болезни и мужественно продолжал служить и исповедовать. Лицо же старца было всегда озарено такой светлой радостью, что никто из братии подумать не мог, что батюшка в то же время терпит настоящую муку. Порою лишь голос его становился едва слышным. Настал день, когда отец Серафим просто не смог подняться с постели.

Новое испытание — болезнь — принял батюшка с удивительным спокойствием и благодушным терпением, словно очередное послушание от Бога. Не было в нем ни малодушия, ни недовольства. Непрестанно воссылая благодарения Господу, батюшка говорил сочувствующим: «Я, грешный, еще не этого достоин! Есть люди, которые и не такие болезни терпят!» Время шло, но, несмотря на усилия врачей, здоровье старца продолжало ухудшаться. Ему шел тогда 64-й год. Появились застойные явления в легких и сердечная недостаточность. Медики настоятельно советовали выехать из города в зеленую зону. В качестве климатического курорта была рекомендована Вырица.

Митрополит Серафим (Чичагов), который профессионально владел медицинскими знаниями, ознакомился с заключением медицинской комиссии и немедленно благословил переезд. Смиренному духовнику лавры оставалось только принять это за послушание. К лету 1930 года отец Серафим покинул город святого апостола Петра. Вместе с ним по благословению владыки в Вырицу отправились схимонахиня Серафима (в миру — Ольга Ивановна Муравьева) и их двенадцатилетняя внучка Маргарита — юная послушница Воскресенского Новодевичьего монастыря. Они и прежде часто приезжали в лавру, навещая отца Серафима. Теперь уход за ним и забота о его здоровье стали главным их послушанием.

А вскоре по Петроградской епархии, как и по всей стране, прокатилась волна еще более жестоких репрессий. Воистину гефсиманской стала для монашествующих ночь на 18 февраля 1932 года. В народе ее так и назвали — святой ночью. В те страшные часы гонители арестовали более пятисот иноков.

К ноябрю 1933 года число действующих храмов в Петербурге сократилось с 495 до 61. Монастыри и подворья были полностью разгромлены и разграблены. Даже колокольный звон к тому времени был запрещен.

И вот в то время, когда с куполов сбрасывали кресты, тысячами разоряли обители и храмы, когда в лагерях и тюрьмах томились десятки тысяч священнослужителей, Господь воздвиг в Вырице храм нерукотворный, живой — чистое сердце отца Серафима. В истории Церкви не раз случалось, что во времена самых жестоких гонений и упадка веры Господь посылал в помощь людям Своих особых избранников — хранителей чистоты Православия. Таким избранником в России 30-40-х годов стал святой преподобный Серафим Вырицкий.