11 сентября 1921 года, в день усекновения главы святого Иоанна Предтечи — подвигоположника и покровителя монашества — митрополит Вениамин возвел отца Варнаву в иеромонаха.

Вместе с благим игом священства понес иеромонах Варнава и новое послушание — главного свечника лавры. Должность была весьма хлопотная и ответственная. В полной мере пригодились здесь отцу Варнаве прежние коммерческие знания и навыки. Однако, участвуя в хозяйственных делах лавры, отец Варнава никогда не забывал об иноческом делании — о молитве и духовном совершенствовании, а также о долге священника.

Служение отца Варнавы всегда отличалось неподдельной искренностью. Как вспоминают очевидцы, за литургией лицо его озарялось духовной радостью, и не случайно, что на богослужения с участием иеромонаха Варнавы (Муравьева) всегда собиралось множество народа. Все стремились послушать его проповеди, отличавшиеся простотой и доступностью. Сказывался многолетний опыт подвижничества в миру. Бывший петербургский купец хорошо знал жизнь людей разных сословий от простолюдина до утонченного интеллигента, их духовные нужды и затруднения. Именно в это время души многих верующих потянулись к простому и кроткому отцу Варнаве. Все шире становился, круг его духовных чад, а у дверей его келий все чаще стали появляться посетители, пришедшие за духовным советом и утешением.

Руководство преподобного Варнавы Гефсиманского, приобщение к церковной традиции и опыту святых отцов послужили кратчайшим и удобнейшим путем его восхождения к старчеству.

20-е годы... Для Русской Православной Церкви это было время особых испытаний — время, когда познавалась истинная крепость людей. Репрессии против духовенства и монашествующих, насильственное изъятие церковных ценностей, ущемление духовного сословия в гражданских правах... Никто из иноков лавры, выходя утром к богослужениям и на послушания, не был уверен, что вернется к вечеру в свою келию.

Особой скорбью отозвались в душе отца Варнавы аресты его ближайших друзей и сподвижников: владыки Петроградского Вениамина, епископа Ладожского Иннокентия, епископа Ямбургского Алексия (Симанского), епископа Петергофского Николая (Ярушевича), архимандритов Гурия и Льва, иеромонаха Мануила, многих других братчиков и насельников лавры.

Вместе с арестами пришли новые скорби, на этот раз связанные с обновленческой смутой. 17 июля 1922 года, едва только отец Варнава успел вернуться из поездки к матери на родину в Ярославскую губернию, в лавру явился обновленческий «архиепископ»-самосвят Николай Соболев и заявил о своих правах на лавру, потребовав прекратить возношение за богослужениями в лавре имени Святейшего Патриарха Тихона. Власти явно потворствовали обновленцам. «Красными двадцатками» была захвачена даже часть лаврских храмов и строений. Вслед за этим обновленцы попытались образовать свой «церковный совет», чтобы взять власть в лавре в свои руки или, по крайней мере, ограничить полномочия монашеского Духовного Собора лавры.

Сознавая, что само существование Александро-Невской лавры находится под серьезной угрозой, архимандрит Иоасаф, управлявший тогда обителью, основные усилия направил на то, чтобы отстоять лавру от разорения и сохранить братию. Решение, принятое им, было компромиссным: формально признать обновленческое «епархиальное управление» и прекратить поминовение Патриарха Тихона за богослужениями, однако вместе с тем управлять лаврой самостоятельно и не допускать никаких новшеств, широко практикуемых обновленцами.

Среди лаврской братии возникли разногласия. И в этот момент иеромонах Варнава (Муравьев), духовник обители архимандрит Сергий (Бирюков) и иеромонах Варлаам (Сацердотский), пользовавшиеся большим духовным авторитетом и уважением в лавре, выступили с увещанием пребывать в послушании руководству лавры. Они призывали братию не вступать с раскольниками в евхаристическое общение, но вместе с тем принять временные внешние уступки, ибо в противном случае братии угрожают немедленные репрессии, а монастырь будет неминуемо упразднен и разграблен богоборцами. Время доказало правильность их выбора. После освобождения из заточения в июне 1923 года святителя Тихона лавра вернулась под патриарший омофор. Стараниями ее руководителя архимандрита Иоасафа, поддержкой отца Варнавы (Муравьева) и его сподвижников удалось сберечь обитель, а братия, пройдя многочисленные скорби и испытания, укрепилась духом и была готова послужить Господу с новым усердием.