Одним из любимейших воспитанников отца Серафима был известный во всей России профессор-гомеопат Сергей Серапионович Фаворский, которого называли «светилом Петербурга».

Частыми гостями в Вырице были выдающиеся русские ученые, академики с мировыми именами — физик Владимир Александрович Фок, известный своими трудами в области квантовой механики и теории относительности, и биолог Леон Абгарович Орбели, ученик и последователь Ивана Петровича Павлова.

С началом Великой Отечественной старец усилил подвиг моления на камне — стал совершать его ежедневно. И достигали Престола Божия молитвы незабвенного старца — Любовь отзывалась на любовь! Сколько душ человеческих спасли те молитвы, известно только Господу. Несомненно было одно, что они незримой нитью соединяли землю с небом и преклоняли Бога на милость, тайным образом изменяя ход многих важнейших событий.

Известно, что в самой Вырице, как и было предсказано старцем, не пострадал ни один жилой дом и не погиб ни один человек. Молился батюшка и о спасении вырицкого храма, и здесь уместно описать удивительный случай, о котором знают многие старожилы Вырицы.

...В первых числах сентября 1941 года немцы наступали на станцию Вырица и вели ее интенсивный обстрел. Кто-то из командиров нашей армии решил, что в качестве объекта наводки используется высокий купол храма, и приказал взорвать церковь. Для этого со станции была послана команда подрывников, в которую вошли лейтенант и несколько бойцов. Когда подвода со смертоносным грузом прибыла к храму, лейтенант приказал бойцам подождать его у ворот, видимо, сославшись на то, что должен ознакомиться с объектом подрыва. Офицер вошел в ограду, а затем и в храм, который в общей суматохе не был заперт...

Через некоторое время солдаты услышали звук одиночного револьверного выстрела и бросились к храму. Лейтенант лежал бездыханным, рядом валялся его револьвер. Бойцов охватила паника и, не выполнив приказа, они бежали из храма. Тем временем началось отступление и о взрыве забыли. Так вырицкая церковь в честь Казанской иконы Пресвятой Богородицы Промыслом Божиим была сохранена от уничтожения...

И еще чудо: немцы заняв Вырицу, расквартировали в ней часть, состоящую из... православных. Известно, что Румыния была союзницей Германии, но о том, что вырицкая команда будет состоять из румын, уроженцев восточной ее части, где исповедуется Православие, да еще говорящих по-русски, вряд ли кто мог предположить. Осенью 1941 года по многочисленным просьбам жителей Вырицы храм был открыт, в нем начались регулярные богослужения.

Истосковавшиеся по церковной жизни люди заполнили храм (он был закрыт богоборцами в 1938 году, но, слава Богу, не разорен). Поначалу прихожане косились на солдат в немецкой форме, но видя, как последние молятся и соблюдают чин службы, постепенно привыкли. Невозможное людям возможно Богу — это был единственный православный храм, который действовал во фронтовой полосе, причем по ту сторону фронта!

С первых дней войны отец Серафим открыто говорил о предстоящей победе русского оружия.

Весной 1944 года, вскоре после полного снятия блокады, митрополит Алексий (Симанский) посетил Вырицу. Причем отец Серафим, прозревая предстоящий визит владыки, заранее предупредил о нем удивленных домашних. Это было прощание митрополита Алексия с великим подвижником. Увидеться в земной жизни им уже не пришлось, однако до конца дней своих они глубоко почитали друг друга и горячо молились один за другого.

В день памяти благоверных князей Российских, страстотерпцев Бориса и Глеба, 15 мая 1944 года почил о Господе Патриарх Сергий. 2 февраля 1945 года на Поместном Соборе Русской Православной Церкви митрополит Алексий (Симанский) единогласно был избран Патриархом Московским и всея Руси. В течение 25 лет, как и предсказывал старец иеросхимонах Серафим Вырицкий, предстояло ему совершать служение Первосвятителя Русской Православной Церкви.

Война поломала несметное количество судеб, и многие спешили в Вырицу со всех концов России в надежде узнать о судьбе своих ближних от отца Серафима, Кто-то узнал о пропавших без вести, другие по молитвам старца устроились на работу, третьи обрели прописку и кров, но главное — веру.