Призываемый на беззаконный суд во второй и в третий раз, святой угодник сказал посланным:

- К кому я пойду? К врагам моим, или к судьям ? Я готов стать пред судом всего мира, но при условии, чтобы вместе со мною судились и соперники мои, судьями же были иные. А теперь судьями моими являются мои враги, которые хотят не судиться со мною, но судить меня. На такой суд я не пойду. Но пусть соберутся из всех церквей епископы, - тогда и я предстану пред судом.

Сказав это, он послал вместо себя трех епископов с двумя пресвитерами, чтобы они говорили за него. Собор Феофила, увидав Иоанновых послов и не давая сказать им ни одного слова, подверг их поруганиям, а на одного из них возложил те железные вериги, которые были приготовлены для Иоанна. Затем участники этого собора стали читать ложные обвинения, составленные в обличение невинного и чистого сердцем Иоанна, и, выставив лжесвидетелей, совершили над ним суд.

Святый Иоанн в то время находился в патриаршей церкви со своими епископами, и обратился к ним с такими словами:

- Велики волны, свирепо волнение, но мы не боимся потопления, ибо стоим на скале. Пусть пенится и ярится море, но оно не может сокрушить скалы. Пусть вздымаются волны, но Иисусова корабля они не смогут потопить. Скажите мне: чего нам бояться? Смерти ли? Но "для меня жизнь - Христос, и смерть - приобретение" (Фил.1:21). Изгнания ли бояться, скажите мне? Но "Господня - земля и что наполняет ее" (Пс.23:1). Лишения ли имений трепетать? Но мы ничего не принесли в сей мир; очевидно, что ничего не можем и вы­нести. Словом, что есть в сем мире страшного, сего я не стра­шусь и всем, что имею, пренебрегаю. Я не боюсь бедности, не желаю богатства, не трепещу смерти, но молю, чтобы вы преуспевали в добре.

Между тем Феофил с собором своих епископов осудил святого Иоанна, как достойного низвержения из сана, и лишил его кафедры, не видя лица его, не слыша его голоса. Таким образом, в течение одного дня они довели до конца злое дело, которое издавна подготовляли, после чего отправили царю следующее письмо:

- Так как Иоанн обвинен во многих преступлениях, в которых он и сам признал себя виновным, потому что не пожелал явиться на суд, то по сей причине он низвержен; и более ничего не требуется, кроме того только, чтобы ты приказал изгнать его с престола".

Царь Аркадий не стал читать написанных против Иоанна обвинений и не пожелал выслушать ответа святого угодника. Он без колебания поверил речам неправедного собора и велел немедленно изгнать Иоанна из церкви; для этого, как на войну, он отправил к нему одного вельможу с войском.

Услышав о сем, народ воспламенился гневом, и бесчисленное множество людей, собравшись, не отступало от церкви в течение трех дней, не позволяя изгнать Иоанна. При этом все громко роптали на царя с царицею и на Феофила за то, что они несправедливо осудили угодника Божия. Тогда Иоанн, боясь как бы против него не было измышлено другое обвинение, будто он не повинуется царю, - скрылся от народа, а при наступлении вечера, оставив церковь, тайно вышел и отдался в руки воинов, посланных схватить его. Воины повели его к морскому заливу и отплыли с ним в Пренет, находившийся против Никомидии.

Народ, узнав об этом, поднял большое волнение, во время которого много жителей было убито и еще более ранено. Среди недовольных были и такие, которые намеревались побить Феофила камнями. Узнав о сем, Феофил тайно бежал из города и тотчас отплыл в Александрию. Так же разбежались и прочие его единомышленники. Повсюду слышны были крики на­рода, который и в церквах, и на площадях громко роптал на несправедливый суд, низвергнувший столь великого светильника мира. Обступив дворец, народ с ужасным воплем и рыданием умолял возвратить Иоанна на патриарший престол. В это время, в одну ночь, случилось сильное землетрясение, и все находились в большом страхе; в особенности ужас охватил царицу, потому что ее дворец сотрясался сильнее других зданий и часть его даже распалась. Видя это, весь народ стал вопить громким голосом:

- Если не будет возвращен Иоанн, то распадется весь город".