Надеясь на помощь царицы и не боясь ничего, Александрийский патриарх Феофил немедленно прибыл в Константинополь, имея в своей свите многих епископов, которых он искусно склонил к единомыслию с собою. Царь не желал принимать Феофила до тех пор, пока от папы Иннокентия не прибудут римские епископы. Он не знал, что римляне ждали от него второго письма с приглашением приехать на собор. Между тем царица, призвав к себе тайно от царя Феофила и всех приехавших с ним епископов, сообщила им свое намерение относительно Иоанна и просила их, чтобы они постарались низ­ложить святого с престола. Те обещали свое содействие, за что царица одарила их подарками. После сего она призвала к себе всех иноков, пресвитеров и епископов, пришедших из Египта, которые жаловались на Феофила. Их было шесть епи­скопов и двадцать пресвитеров и диаконов, отступивших от Феофила и искавших суда на него. Собрав их всех, царица стала просить их не представлять на суд обвинений против Феофила и простить ему свою обиду. Одни послушали царицу и, возложивши на Господа печаль свою, умолкли, другие, среди которых были Исидор и Иракс (Диоскор незадолго до сего преставился), удалились в свои пустыни, а некоторые совершенно отказались принять сделанное им царицею предложение. Согла­сившихся молчать царица обогатила подарками, а тех, которые сопротивлялись, отправила в Солунь в заточение. Таким образом Феофил, освободившись от всех своих противников, мог с успехом начать дело против Иоанна.

В то время святой Иоанн, проповедуя по своему обычаю в церкви слово Божие, некую часть Священного Писания из третьей книги Царств излагал так:

"Соберите ко мне пророков Вааловых, и четыреста пророков постыдных, питающихся от стола Иезавели, дабы я сказал им, как сказал Илия: долго ли вам хромать на оба колена? если Господь есть Бог, то последуйте Ему; а если Ваал, то ему последуйте" ⁵².

Выслушав сие, враги Иоанна сообщили об этом Феофилу и находившимся с ним епископам. Последние, записав те речи, перетолковывая их в дурную сторону и прибавляя свои, говорили, что Иоанн явно пред всеми называет царицу Иезавелью, а их - лживыми пророками. Записанное передали они царю и царице. Тогда царица, рыдая, снова стала просить у царя суда над Иоанном. Сожалея царицу, царь весь свой гнев, который имел против Феофила, обратил на Иоанна и приказал Феофилу созвать против него собор. Феофил со всеми своими единомышленниками был рад гневу царя против Иоанна. Найдя двух диаконов, которых Иоанн отлучил от Церкви, ибо один из них совершил убийство, а другой прелюбодеяние, - Феофил обещал посвятить их в епископы с тем условием, чтобы они лжесвидетельствовали на Иоанна. Они же, враждуя на святого и желая епископства, немедленно обещались исполнить Феофилову волю. Феофил написал много ложных обвинений против Иоанна и передал тем диаконам, чтобы они подали их от себя собору.

Место для собора назначено было в Халкидонском пригороде, где находился царский дворец и большая церковь святых Апостолов Петра и Павла⁵³. Епископы, собравшись там, заседали вместе с Феофилом. Блаженный же Иоанн, с находившимися при нем епископами, которых было числом сорок человек, заседал в своем патриаршем доме. С горестью увидел свя­той, что злоба его врагов увенчалась успехом, и простодушно удивлялся, как это случилось и как Феофил, сам вызванный для суда над ним, так быстро склонил на свою сторону царя и всех сановников и из подсудимого обратился в судию. И сказал святой Иоанн епископам:

- Братия! Молите Бога о мне и, если любите Христа, то не оставляйте церквей ваших; для меня уже приблизилось время бедствий, и, после многих скорбей, я скоро отойду ко Господу. Вижу, что сатана, не вынося моего учения, созвал против меня нечестивый собор. Но вы не скорбите о мне и поминайте меня в своих молитвах.

Выслушав сие, все ужаснулись и зарыдали. Святой повелел им умолкнуть и утешал их. В то время, как он беседовал с своим собором, пришли посланные от Феофилова собора, призывая Иоанна на суд, чтобы он дал ответ про­тив возводимых на него обвинений. Находившиеся с Иоанном епископы чрез тех послов сказали Феофилу:

- Не вызывай святителя, как Каин Авеля на поле, но явись к нам, чтобы оправдаться пред нами. Мы имеем письменные свидетельства о беззакониях, которые ты сделал. Итак, приди сюда, так как нас, собранных благодатью Божиею не для разорения Церкви, но для мира, гораздо больше, чем на вашем соборе.

Святой Иоанн с своей стороны сказал послам:

- Не могу идти к явным врагам моим.

И не пошел.