За время пребывания на Ситхе отцом Иоанном была начата книга «Замечания о колошском и кадьякском языках и отчасти о прочих наречиях в Российско-американских владениях», которая, как и грамматика алеутского языка, удостоилась лестных отзывов специалис-тов и внесла много нового в науку.

Многолетний опыт в деле распространения Слова Божия убедил отца Иоанна в том, что при разбросанности туземных поселений и все возраставшем числе крещеных трудно поддерживать дух христианства у паствы. Для этого была нужна постоянная проповедь, что было невозможно при малочисленности священников и недостатке средств. Решение этого зависело от высшего начальства, следовательно, нужно было хлопотать. Кроме того, ему нужно было лично просить разрешения на издание священных книг на алеутском языке. С этой целью отец Иоанн решился отправиться в Петербург. Приняв такое решение, Иоанн взял отпуск и, отправив супругу и детей на родину в Иркутск, 8 ноября 1838 года отплыл с острова Ситхи. Плавание его продолжалось около восьми месяцев. 25 июня 1839 года он прибыл в Петербург.

По прибытии в столицу отец Иоанн в тот же день явился в Святейший Синод и своими рассказами живо заинтересовал его членов. Однако хлопоты в Синоде растянулись на несколько месяцев, которые отец Иоанн не потратил напрасно. Он занялся сбором пожертвований для распространения и утверждения христианства на Алеутских островах и с этой целью отправился в Москву. В Москве он явился к преосвященному Филарету, тогдашнему митрополиту Московскому. Святитель с первого взгляда полюбил трудолюбивого проповедника. «В этом человеке есть что-то апостольское», — говорил он об отце Иоанне. Не раз в свободное время беседовали они наедине, и святитель с удовольствием слушал дивные рассказы отца Иоанна о его жизни среди алеутов. Осенью отец Иоанн вернулся в Петербург, где его ждало решение Святейшего Синода об увеличении штата священно- и церковнослужителей в американских владениях России. Ему также было разрешено печатать свои переводы, и, кроме того, за свои долголетние апостольские подвиги он был награжден званием протоиерея.

Но не только радостные вести ждали его в Петербурге; из Иркутска сообщили о кончине его супруги. Тяжко поразило его это горе. Митрополит Филарет, утешая его, убеждал принять монашество. Но из-за обремененности большой семьей и невозможности в миссионерских разъездах выполнять все требования монашеского устава отец Иоанн согласился не сразу. Когда же, по ходатайству митрополита Филарета, дети его (а их у него было шестеро: две дочери и четыре сына) были устроены на казенное содержание, то он, видя в этом указание Божие, подал прошение о пострижении в монашество. Постриг был совершен 19 ноября 1840 года с наречением имени Иннокентия, в честь святителя Иркутского. На другой день иеромонах Иннокентий был возведен в сан архимандрита.

Между тем в Святейшем Синоде состоялось решение об образова-нии новой епархии, к которой были отнесены и Алеутские острова. Возник вопрос о назначении архиерея на новое место. Императору Николаю Павловичу был представлен список из трех избранников, в числе которых был и архимандрит Иннокентий. Государь пожелал его видеть. Обласкав новопоставленного архимандрита, император сказал ему на прощанье: «Передайте митрополиту, что я желаю, чтобы вы были назначены архиереем новой епархии».

Посвящение Иннокентия во епископа Камчатского, Курильского и Алеутского последовало 15 декабря 1840 года в Казанском соборе. «Я твердо уповаю и верую, — говорил во время своего наречения во епископа Иннокентий, — что Господь, так давно путеводящий меня и дающий мне ныне новый жребий служения благодатию Своею, дарует мне и новые силы к совершению моего служения. Молю вас, Богоизбранные отцы и предстоятели сущей на земле Церкви! Восприимите меня в молитвы ваши и молите Господа, да будет со мною благодать и милость Его всегда». 10 января 1841 года преосвященный Иннокентий уже выехал из Петербурга к месту своего служения на остров Ситху, в Новоархангельск, где было назначено его местопребывание.

Обратный путь епископ Иннокентий совершал уже через Сибирь. По пути он заехал в Иркутск. Можно себе представить, с каким чувством въезжал преосвященный Иннокентий в свой родной город и с каким благоговением и радостью встречали жители Иркутска бывшего своего священника. Народ толпами встречал его при въезде, все церкви приветствовали колокольным звоном. Преосвященный посетил Благовещенскую церковь, где прежде служил священником, и совершил там литургию с благодарственным молебствием. Отъезжая из Иркутска, он заехал на место своего рождения в село Ангинское, заходил в избу, в которой родился и провел детство, посетил своих старых знакомых и, отслужив молебен, пустился в дальний путь, напут-ствуемый добрыми пожеланиями земляков. Наконец, 27 сентября 1841 года после утомительного и долгого пути Иннокентий благополучно прибыл на остров Ситху.