Приближалось время отшествия старца. В один из дней приказал он ученику своему Герасиму зажечь свечи пред иконами и читать Деяния Апостольские. Через некоторое время лицо его просияло и он громко произнес: «Слава Тебе, Господи!» Потом, приказав прекратить чтение, объявил, что Господу было угодно еще на неделю продлить его жизнь.

Через неделю опять по его приказанию были зажжены свечи и читали Деяния святых Апостолов. Тихо преклонил старец свою голову на грудь Герасима, келия наполнилась благоухания, лицо его просияло, и в то же мгновение отца Германа не стало. Так блаженно почил он сном праведника на восемьдесят первом году своей многотрудной жизни, 13 декабря 1837 года.

Несмотря на предсмертную волю отца Германа, ученики его не решились хоронить старца, не дав о том знать в гавань; неизвестно почему не убили они и быка. Посланный с печальной вестью возвратился из гавани, сообщив, что правитель колонии Кашеваров запретил хоронить старца до его приезда. Там же, в гавани, был заказан для усопшего лучший гроб, который должен был доставить на Еловый священник. Но все эти распоряжения были противны воле почившего. И вот подул страшный ветер, полил дождь, сделалась ужасная буря. Невелик был переезд из гавани на Еловый, всего часа два пути, но никто не решался пуститься в море в такую погоду. Так было целый месяц, и все это время тело отца Германа лежало в теплом доме его воспитанников, лицо его не изменилось и от тела не было ни малейшего запаха.

Наконец с опытным стариком Козьмою Училищевым был доставлен; из гаваньских никто не приехал, и жители острова одни предали земле бренные останки своего старца. Та исполнилось последнее желание отца Германа. Бык отца Германа на другой день по его смерти ударился головой о дерево и свалился на землю мертвый.

В самый день смерти старца в селении Катани на Афогнаке виден был над Еловым необыкновенный светящийся столб до неба. Пораженные чудесным явлением креол Герасим Вологдин и жена его Анна стали молиться со словами: «Видно отец Герман оставил нас». Этот светящийся столб видели и другие. В тот же вечер в другом селении на Афогнаке видели человека, поднимавшегося к облакам над Еловым островом.

Похоронив старца, ученики поставили над его могилой простой деревянный крест. Позже на этом месте был воздвигнут храм, освященный во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев.

Видев славную подвигами жизнь отца Германа, видев его чудеса, видев исполнение его пророчеств и, наконец, его блаженное успение, «все местные жители, — свидетельствует преосвященный Петр, — вполне уверены в его богоугождении».

В 1842 году, через шесть лет по преставлении старца, плывя морем на Кадьяк и находясь в крайней опасности, высокопреосвященный Иннокентий, архиепископ Камчатский и Алеутский, воззрев на остров Еловый, сказал в уме своем: «Если ты, отец Герман, угодил Господу, то пусть переменится ветер!» И точно, не прошло кажется и четверти часа, рассказывал впоследствии высокопреосвященный, как ветер сделался попутным, и они благополучно пристали к берегу. В благодарность за избавление архиепископ Иннокентий сам отслужил на могиле блаженного панихиду.

В 1867 году один из аляскинских епископов составил записку о житии преподобного Германа и о случаях чудотворения по его молитвам, которые еще долго после его блаженной кончины записывались доброхотами. Впервые житие преподобного Германа было опубликовано на Валааме в 1894 году. В 1927 году русский архимандрит Герасим (Шмальц) прибыл на остров Еловый и остался там до конца своих дней. В 1952 году им были составлены житие и акафист преподобному, а через семь лет им же мощи преподобного Германа были открыты и перенесены в специально построенную небольшую часовню.

9 августа 1970 года, на день памяти святого великомученика и целителя Пантелеимона, на острове Кадьяке было совершено прославление преподобного Германа. Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 1 декабря 1970 года имя преподобного Германа Аляскинского было включено в месяцеслов. В 1984 году преподобный Герман прославлен вместе со всеми Сибирскими святыми. Его изображение есть на общей иконе Сибирских святых.