Велико было смирение отца Алексия. Никогда не обижался он ни на какие грубости по отношению к себе. «Я что?.. Я — убогий...» — говаривал он. Однажды, заставив духовную дочь вспомнить на исповеди, что она плохо говорила о своей родственнице и не придала этому значения, он сказал ей: «Помни, Лидия, что хуже нас с тобою во всем свете никого нет».

Сторонился батюшка проявлений по отношению к себе знаков почтения, уважения, избегал пышных служб, а если приходилось участвовать, то старался встать позади всех. Тяготился наградами, они обременяли его, вызывая у него глубокое, искреннее смущение.

По хлопотам чудовских сестер в 1920 году Святейший Патриарх Тихон удостоил батюшку награды — права ношения креста с украшениями. Священники и прихожане собрались вечером в храм, чтобы поздравить его. Отец Алексий, обычно улыбчивый, радостный, выглядел встревоженным и огорченным. После краткого молебна он обратился к народу с сокрушением, говоря о своем недостоинстве, и, заливаясь горькими слезами, просил прощения и поклонился в землю. Все увидели, что, принимая эту награду, он действительно чувствовал себя недостойным ее.

Истинными духовными друзьями отца Алексия были современные ему оптинские подвижники — старец иеросхимонах Анатолий (Потапов) и скитоначальник игумен Феодосий. Отец Анатолий приезжавших к нему москвичей направлял к отцу Алексию. Старец Нектарий говорил кому-то: «Зачем вы ездите к нам? У вас есть отец Алексий».

Отец Феодосий, приехав как-то в Москву, посетил маросейский храм. Был за богослужением, видел, как идут вереницы исповедников, как истово и долго проходит служба, подробно совершается поминовение, как много людей ожидает приема. И сказал отцу Алексию: «На все это дело, которое вы делаете один, у нас бы в Оптиной несколько человек понадобилось. Одному это сверх сил. Господь вам помогает».

Святейший Патриарх Тихон, который всегда считался с отзывом батюшки в случаях хиротонии, предложил ему взять на себя труд по объединению московского духовенства. Заседания проходили в храме Христа Спасителя, но по условиям того времени вскоре были прекращены. Отношение духовенства к батюшке было весьма различно. Многие признавали, его авторитет, часть пастырей была его духовными детьми и последователями, но немало было и тех, кто критиковал его.

В последних числах мая по новому стилю 1923 года отец Алексий поехал, как и в прошлые годы, отдыхать в Верею, отдаленный городок Московской области, где у него был маленький домик. Перед отъездом служил в маросейском храме свою последнюю литургию, прощался с духовными детьми, уходя, простился с храмом. Скончался отец Алексий в пятницу 9/22 июня 1923 года. Последний вечер он был радостен, ласков со всеми, вспоминал отсутствующих, особенно внука Алешу. Смерть наступила сразу же, как только он лег в постель, и была мгновенной.

Гроб с телом отца Алексия был доставлен в храм Николая Чудотворца в Кленниках на лошади в среду 14/27 июня в девятом часу утра. Церковные общины Москвы во главе со своими пастырями приходили одна за другой петь панихиды и прощаться с почившим. Это длилось до самого утра следующего дня, чтобы дать возможность всем пришедшим помолиться. Служили вечером две заупокойные всенощные: одну в церкви и другую во дворе. Литургию и отпевание совершал во главе сонма духовенства архиепископ Феодор (Поздеевский), настоятель Данилова монастыря, — об этом просил в своем письме незадолго до смерти отец Алексий. Владыка Феодор находился тогда в тюрьме, но 7/20 июня был освобожден и смог исполнить желание батюшки.

Всю дорогу до кладбища пелись пасхальные песнопения. Проводить отца Алексия в последний путь прибыл на Лазаревское кладбище исповедник Христов Святейший Патриарх Тихон, только что освобожденный из заключения. Он был восторженно встречен толпами народа. Исполнились пророческие слова батюшки: «Когда я умру — всем будет радость». Литию служил архимандрит Анемпо-дист. Святейший благословил опускаемый в могилу гроб, первый бросил на него горсть земли.

Отец Алексий говорил при жизни своим духовным чадам, чтобы они приходили к нему на могилку со всеми своими трудностями, бедами, нуждами. И многие шли к нему на Лазаревское кладбище.

Через десять лет в связи с закрытием Лазаревского кладбища останки отца Алексия и его жены были перенесены 15/28 сентября 1933 года на кладбище «Введенские горы», именуемое в народе Немецким. Тело отца Алексия было в ту пору нетленным. Лишь на одной из ног нарушился голеностопный сустав и отделилась стопа.

Все последующие десятилетия могила отца Алексия была, по свидетельству администрации кладбища, самой посещаемой. Благодаря рассказам о полученной помощи, а позднее и публикациям, множество людей узнали об отце Алексии и, прося его заступничества в своих бедах и трудных житейских обстоятельствах, бывали утешены батюшкой.