Уже будучи священником, отец Алексий, услышав о смерти отца Георгия, пришел на отпевание, со слезами благодарности и любви провожал его до могилы, к удивлению тех, кто знал отношение к нему почившего.

Потом отец Алексий говорил: когда люди указывают на недостатки, которые мы сами за собой не замечаем, они помогают нам бороться со своим «яшкой». Два у нас врага: «окаяшка» и «яшка» — батюшка называл так самолюбие, человеческое «я», тотчас заявляющее о своих правах, когда его кто волей или неволей задевает и ущемляет. «Таких людей надо любить как благодетелей», — учил он в дальнейшем своих духовных детей.

В 1884 году Алексий Мечев женился на дочери псаломщика восемнадцатилетней Анне Петровне Молчановой. В том же году, 18 ноября, был рукоположен епископом Можайским Мисаилом во диакона.

Сделавшись служителем алтаря, диакон Алексий испытывал пламенную ревность о Господе, а внешне проявлял величайшую простоту, смирение и кротость. Брак его был счастливым. Анна любила мужа и сочувствовала ему во всем. Но она страдала тяжелым заболеванием сердца, и здоровье ее стало предметом его постоянных забот. В жене отец Алексий видел друга и первого помощника на своем пути ко Христу, он дорожил дружескими замечаниями жены и слушал их так, как иной слушает своего старца; тотчас стремился исправлять замеченные ею недостатки.

В семье родились дети: Александра (1888), Анна (1890), Алексей (1891), умерший на первом году жизни, Сергей (1892) и Ольга (1896).

19 марта 1893 года диакон Алексий Мечев был рукоположен епископом Нестором, управляющим московским Новоспасским монастырем, во священника к церкви Николая Чудотворца в Кленниках Сретенского сорока. Хиротония состоялась в Заиконоспасском монастыре. Церковь Николая Чудотворца в Кленниках на Маросейке была маленькой, и приход ее был очень мал. В непосредственной близости высились большие, хорошо посещаемые храмы.

Став настоятелем одноштатной церкви Святителя Николая, отец Алексий ввел в своем храме ежедневное богослужение, в то время как обычно в малых московских храмах оно совершалось лишь два-три раза в седмицу.

Приходил батюшка в храм почти с пяти часов утра, сам и отпирал его. Благоговейно приложившись к чудотворной Феодоровской иконе Божией Матери и другим образам, он, не дожидаясь никого из причта, готовил все необходимое для Евхаристии, совершал проскомидию. Когда же подходил установленный час, начинал утреню, за
которой нередко сам читал и пел; далее следовала литургия. «Восемь лет служил я литургию каждый день при пустом храме, — рассказывал впоследствии батюшка. — Один протоиерей говорил мне: "Как ни пройду мимо твоего храма, все у тебя звонят. Заходил в церковь — пусто... Ничего у тебя не выйдет, понапрасну звонишь"».
Но отец Алексий этим не смущался и продолжал служить.
По действовавшему тогда обычаю москвичи говели раз в году Великим постом. В храме же «Николы-Кленники» на
улице Маросейке можно было в любой день исповедаться
и причаститься. Со временем это стало в Москве известно. Описан случай, когда стоявшему на посту городовому показалось подозрительным поведение неизвестной женщины в очень ранний час на берегу Москвы-реки. Подойдя, он узнал, что женщина пришла в отчаяние от тягот жизни, хотела утопиться. Он убедил ее оставить это намерение и пойти на Маросейку к отцу Алексию. Скорбящие,
обремененные горестями жизни, опустившиеся люди потянулись в этот храм. От них пошла молва про его доброго настоятеля.

Жизнь духовенства многочисленных малых приходов того времени была материально тяжела, плохими часто бывали и бытовые условия. Маленький деревянный домик, в котором помещалась семья отца Алексия, был ветхим, полусгнившим; стоявшие вплотную соседние двухэтажные дома затеняли окна. В дождливое время ручьи, сбегая вниз с Покровки и Маросейки, текли во двор храма и в подвал домика, в квартире всегда было сыро.

Матушка Анна Петровна тяжело болела. У нее началась сердечная водянка с большими отеками и мучительной одышкой. Скончалась Анна Петровна 29 августа 1902 года в день усекновения главы Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.

В то время очень близкая отцу Алексию купеческая семья (Алексей и Клавдия Беловы) пригласила к себе домой приехавшего в Москву праведного отца Иоанна Кронштадтского, с которым находилась в контакте по делам благотворительности. Сделано же это было для встречи с ним отца Алексия.

«Вы пришли разделить со мной мое горе?», — спросил
отец Алексий, когда вошел отец Иоанн. — «Не горе твое я пришел разделить, а радость, — ответил отец Иоанн. — Тебя посещает Господь. Оставь свою келью и выйди к людям; только отныне и начнешь ты жить. Ты радуешься на свои скорби и думаешь: нет на свете горя больше твоего... А ты будь с народом, войди в чужое горе,
возьми его на себя, и тогда увидишь, что твое несчастье незначительно в сравнении с общим горем, и легче тебе станет».