Вызванный из Кракова в Варшаву письмом варшавского юриста Зычевского, который сообщал 3 мая 1644 года, что его усилиями грамота, порученная Афанасием к заверению у канцлера, уже снабжена необходимыми печатями, и требовал выкупить привилей за шесть тысяч злотых, преподобный Афанасий безотлагательно направился в столицу. Но, когда при проверке оказалось, что привилей не внесен в королевскую метрику и, следовательно, не имеет законной силы, игумен отказался выкупить фиктивный документ.

Вернувшись в Брест из Варшавы, преподобный Афанасий заказал в бернардинском монастыре копию Купятицкой иконы и поместил ее в своей келии; вдохновленный этим образом, он приступил к сложению новой публичной жалобы, с которой рассчитывал выступить на сейме 1645 года. Для этого же он подготовил несколько десятков копий рукописной «Истории путешествия в Москву» с изображением Купятицкой иконы Божией Матери.

Планам Афанасия не суждено было сбыться: за несколько недель до открытия сейма, летом 1645 года он был арестован и под конвоем отправлен в Варшаву в качестве заложника за увезенного в Москву Лубу. Несмотря на ежедневные допросы и пытки, ободряемый своими последователями, о чем свидетельствует, к примеру, письмо некоего Михаила от 1 июня, игумен Брестский не прекратил публичной полемической деятельности и написал «Новины», в которых поместил свой собственный духовный стих, самостоятельно положенный на музыку:

На протяжении полугода создавал неутомимый воин Христов целый ряд статей, названия которых говорят за себя: «Фундамент беспорядка Костела Римского», «Совет набожный», «О фундаменте церковном», «Приготовление на суд». Составил он и прошение королю Владиславу, поданное 29 июня 1645 года. Не зная о судьбе этого послания, игумен написал еще одну, третью «суплику» которая была подана одним из сторонников преподобного в королевскую карету во время выезда монарха.

Суплика эта обратила на себя внимание короля, но просьба об освобождении не имела никаких последствий, несмотря даже на то что 23 июля посол Гавриил Стемпковский уговорил нового Российского государя Алексия выпустить Лубу под поручительство короля и панов. Впрочем, когда королю попытались передать статью игумена Брестского «Приготовление на суд», тот, воскликнув «не надо, не надо уже ничего; сказал его выпустить!», не захотел принять игумена.

Вместе с тем, король Владислав предложил митрополиту Петру Могиле вызвать к себе преподобного Афанасия и поступить с ним так, как сочтет нужным. Но в то же время тюремные власти подстрекали узника к побегу, чтобы получить формальное основание для его убийства. Игумен не поддался на эту провокацию, терпеливо ожидал «порядного из тюрьмы выпущения» особенно когда возник слух, что его согласился выслушать сам король. Видимо, позже сенаторы все же убедили монарха не встречаться с лишенным свободы Брестским игуменом.

3 ноября 1645 года преподобный Афанасий в сопровождении конвоя был отправлен в Киев, где пребывал в келии Печерского монастыря. Здесь он «для ведомости людям православным» трудился над соединением всех своих трудов в единое произведение — «Диариуш». 14 сентября 1646года, стремясь вновь заявить о своей невиновности и правоте, преподобный вновь решился на это в образе юродивого Печерской монасырской церкви. Объясняя позднее это действие, он написал «Причины поступку моего таковые в церкве святой Печаро-Киевской чудотворной на Воздвижение Честного Креста року 1646» — статью, ставшую последней в его жизни.

Спустя три с половиной месяца после упомянутых событий, 1 января 1647 года скончался митрополит Петр Могила. На погребение митрополита приехали все православные епископы Речи Посполитой, среди которых был и Луцкий иерарх Афанасий Пузына. Уезжая, он взял с собой преподобного игумена Брестского в качестве духовного лица, принадлежащего к его епархии и после настойчивых прошений брестских братчиков отправил игумена в его монастырь.

Но недолгими были мирные времена. В марте 1648 года началось восстание, во главе которого стоял Богдан Хмельницкий; еще через месяц умер король Владислав. В это время в Речи Посполитой начали действовать чрезвычайные — каптуровые — суды, и 1 июля 1648 года капитан королевской гвардии Шумский сделал донос на преподобного Афанасия, которого арестовали сразу после Божественной литургии в Рождество-Богородичной церкви.