В цветоносное, Вербное воскресенье Афанасий покинул Москву с щедрыми пожертвованиями для Купятицкой церкви, 16 июня прибыл в Вильну, а в июле достиг пределов родной обители.

В 1640 году братия Брестского Симеонова монастыря, лишившаяся игумена, послала в Купятицы прошение благословить к ним игуменом Афанасия Филипповича либо Макария Токаревского. Выбор пал на Афанасия, который направился в Брест. Здесь он оказался в самом центре борьбы Православия с унией, ибо Брест был городом, в котором появилось на свет и как нигде больше распространилось «греко-католичество». Еще ранее все 10 православных храмов города были превращены в униатские, и только в 1632 году православному братству удалось возвратить храм во имя Симеона Столпника с монастырем при нем, а в 1633 — церковь в честь Рождества Богородицы.

Униаты, однако, не прекратили своих посягательств, и вскоре игумену Афанасию пришлось разыскивать «фундации» на православные храмы: было найдено и занесено в городские книги магде-бургии шесть документов XV века, относящихся к брестскому Никольскому братству, объединявшему монастыри Рождества Богородицы и Симеона Столпника. Найденные игуменом документы давали основания к юридическому оформлению прав Рождество-Богородичного братства, и брестский подвижник отправился в сентябре 1641 года в Варшаву на сейм, где получил 13 октября королевский привилей, подтверждавший права братчиков и позволяющий приобрести в Бресте место для постройки братского дома.

Но привилей этот надлежало ратифицировать у канцлера Альбрехта Радзивилла и подканцлера Тризны, которые отказались, даже за 30 талеров, которые мог предложить им игумен, заверить привилей своими печатями, ссылаясь на то, что «под клятвою запрещено им от святого отца папежа, чтобы более уж вера греческая здесь не множилась». Не смогли помочь игумену Брестскому и собранные на сейме православные епископы, опасавшиеся, что в борьбе за меньшее можно потерять большее, вызвав волну новых преследований со стороны властей. Игумен Афанасий, однако, укрепленный в правоте своего дела благословением чудотворной иконы, вновь сделал попытку заверить данный привилей, — и вновь безуспешно. Тогда он явился на сейм и обратился непосредственно к королю с официальной жалобой — «супликой», — требуя, «чтобы вера правдивая греческая основательно была успокоена, а уния проклятая уничтожена и в ничто обращена», угрожая монарху Божией карой, если он не обуздает диктат Костела.

Обличение это, произнесенное 10 марта 1643 года, привело короля и сейм в сильнейшее раздражение. Игумена Афанасия арестовали и заключили вместе с соратником его диаконом Леонтием в доме королевского привратника Яна Железовского на несколько недель — до сеймового разъезда. Лишенный возможности разьяснить причины своего выступления, игумен Брестский возложил на себя подвиг добровольного юродства, и 25 марта, на празднование Благовещения Пресвятой Богородицы, бежал из-под стражи и, встав на улице в каптуре и параманте, бия себя посохом в грудь, принародно произнес проклятие унии.

Вскоре он был схвачен и вновь заключен под стражу, а после окончания сейма предан церковному суду. Суд, для успокоения властей, временно лишил его иерейского и игуменского сана и отправил в Киев на завершительное разбирательство консистории. В ожидании окончательного постановления суда преподобный Афанасий подготовил объяснительную записку на латыни, ибо предполагался приезд правительственного обвинителя. Вдали от раздраженной Варшавы и верховных властей суд, проходивший под председательст-вом ректора Киево-Могилянской коллегии Иннокентия Гизеля, постановил, что Афанасий уже искупил свой «грех» заключением, и поэтому ему предоставляется свобода и возвращается священнический сан. Митрополит Петр Могила подтвердил это решение и 20 июня отправил преподобного в монастырь Симеона Столпника с посланием, в котором предписывалось быть более осторожным и сдержанным в церковных делах.

Так преподобный Афанасий возвратился в Брест, где и прожил «в покое время немалое». Покой этот был весьма относительным, ибо не прекращались непрерывные нападения на обитель иезуитских студентов и униатских священников, оскорблявших и даже избивавших православных иноков.

Рассчитывая получить поддержку у новогородского воеводы Николая Сапеги, считавшегося патроном Симеонова монастыря, и в уповании на то, что он поможет исхлопотать охранную грамоту для православных берестейцев, преподобный Афанасий отправился в Краков, занимаясь одновременно сбором пожертвований для своей обители. К сожалению, поддержки вельможного воеводы найти не удалось, и преподобный направился к московскому послу князю Львову, проживавшему в то время в Кракове и занимавшемуся расследованием о самозванцах. Встретившись с ним, Афанасий рассказал о своем путешествии в Москву, а также сообщил множество фактов о Яне-Фавстине Лубе[1], предъявив одно из его последних посланий, определенные фрагменты которого давали основания возбудить против самозванца судебное расследование.