Не без Промысла Божия отказали китайцы во въезде владыке. Вынужденное его «сидение» в Селенгинске оказалось весьма важным для проповеди Слова Божия среди местных монгольских племен. Используя свое архиерейское право рукополагать в священный сан, святитель тем самым восполнял недостаток духовенства за Байкалом и избавлял ставленников от далекой поездки для принятия сана в столицу Сибири — Тобольск.

Лишь в марте 1725 года получил владыка Иннокентий повеление переселиться в Иркутский Вознесенский монастырь и оставаться там впредь до новых предписаний. Управлял монастырем в отсутствие архимандрита Антония Платковского игумен Пахомий. Он отвел высокому гостю и его свите помещение на восточной стороне обители, на берегу Ангары. Здесь же, на монастырских землях, им выделили участки под огород, и таким образом жизнь обрела некую стабильность, особенно летом, когда нужно было заниматься огородничеством. Узнав о жительстве в монастыре епископа, в поисках духовного утешения к нему стали стекаться люди. Особенно стремились к владыке дети и инородцы.

В тот же год скончался император Петр I. Вдова и наследница престола Екатерина I назначила чрезвычайным послом в Китай графа Савву Владиславовича Рагузинского и обязала его взять с собой в Пекин епископа Иннокентия, если, конечно, китайцы согласятся.

В Иркутск Рагузинский прибыл 5 апреля 1726 года. Встретившись с владыкой, он предложил ему возвратиться в Селенгинск и там ждать его, а сам задержался в Иркутске для необходимых дорожных приготовлений. В это время в Иркутск из Москвы вернулся архимандрит Антоний Платковский, ранее уже бывавший в Пекине с послом Измайловым. Очень ему хотелось быть начальником тамошней миссии, и он постарался расположить к себе графа Рагузинского. Всю ловкость, хитрость, услужливость и хлебосольство, даже наветы и хулу на епископа Иннокентия, постарался употребить архимандрит Антоний. Следствием этих маневров архимандрита было письмо посла Рагузинского в Петербург, в котором говорилось, что он не надеется на то, что китайцы примут владыку, а потому находит способным к должности начальника миссии архимандрита Антония Платковского. Письмо было отравлено с нарочным в Петербург и там принято без проверки. В марте следующего года святитель Иннокентий получил новый указ — опять переселиться в Вознесенский монастырь. Начальником миссии в Пекине был назначен архимандрит Антоний Платковский.

Только владыка успел устроиться в Вознесенском монастыре, как из Петербурга пришло новое высочайшее повеление: быть ему самостоятельным епископом Иркутским и Нерченским. Этим решением была образована новая кафедра, и с преосвященного Иннокентия началось самостоятельное столование иркутских епископов.

Водворившись на новом месте, владыка Иннокентий столкнулся с теми же проблемами, что и в Селенгинске. По-прежнему не на что было жить, все так же не было крыши над головой. Консистория отказалась платить ему жалование на том основании, что назначено оно было якобы для проживания в Китае, а не в Иркутске. В то время Иркутск еще не разросся до пределов Вознесенского монастыря, и владыке приходилось часто путешествовать по плохой дороге в город и обратно. Будучи не очень здоровым человеком и тяжело перенося переезды, он просил граждан Иркутска дать ему на время помещение. Не нашлось среди иркутян того, кто бы принял в свой дом будущего молитвенника и заступника пред престолом Божиим за всю иркутскую паству. Наконец в 1828 году провинциальная канцелярия сжалилась над владыкой и отвела ему дом боярского сына Димитрия Елезова. Теперь на этом месте в память жительства здесь святителя воздвигнута каменная часовня.

Немногим более четырех лет окормлял он иркутскую паству, но и это короткое по человеческим меркам время употребил он с великой пользой для спасения. Как было уже сказано, владыка Иннокентий не отличался крепостью здоровья, особенно страдал головными болями, но подвигов своих, ни молитвенного, ни смирения плоти, не оставлял. На теле он носил власяницу, поверх которой всегда был подрясник из шкуры лося и кожаный с железной пряжкой пояс. Молиться святитель любил в пещере за монастырской оградой, которую выкопал основатель Вознесенской обители старец Герасим. Еще был у святителя обычай обходить по ночам Вознесенский храм и молиться на него с четырех сторон.

Очень любил владыка делать что-либо своими руками. Днем помогал тянуть сети тем, кто был на рыболовном послушании, а по ночам шил для учеников обувь (чарки). Своими руками посадил в монастыре два кедра.

Пастырь добрый не только руками трудился, но и на мгновение не оставлял главного дела — проповеди Слова Божия. Язычников, во множестве проживавших вокруг Иркутска, он обращал к святой Церкви не только семьями, но и целыми стойбищами. Так, из новокрещенных бурят образовалось целое поселение Ясачное.

Физические немощи не могли остановить его неиссякаемой любви к Богу, которой он спешил поделиться со всеми. Следование за Христом было для него не просто призывом, но смыслом жизни. Этим принципом руководствовался он в каждом деле. Шил ли чарки, учил ли бурят, возводил ли храм, он всегда перед собой имел образ Спасителя нашего Иисуса Христа.