Святитель Митрофан, как человек высокого патриотизма, своим нравственным авторитетом, милосердием и молитвами содействовал преобразованиям Петра I, необходимость и цель которых хорошо понимал. При постройке в Воронеже флота для похода на Азов святитель Митрофан убеждал народ всемерно помогать Петру I. Это было особенно важно, ибо многие считали устройство флота делом бесполезным. Святитель не ограничивался только советами царю, но оказывал и материальную поддержку государственной казне, нуждавшейся в деньгах для строительства флота, и отдавал все свои средства, сознавая, что они идут на благо Родины.

Патриотические чувства святителя соединялись в его душе с непоколебимой верой и строгостью православных убеждений, ради которых он не боялся навлечь на себя царский гнев. Так, святитель отказался идти во дворец к Петру I, потому что там стояли статуи языческих богов, и хотя за ослушание царской воли святителю грозила опала, он остался непреклонен. Петр приказал убрать статуи и с того времени проникся еще большим уважением к святителю.

Скончался святитель Митрофан в 1703 году в глубокой старости, приняв перед смертью схиму с именем Макарий. Погребение совершено было 4 декабря. Царь Петр I сам нес гроб святителя от собора до усыпальницы. Прощаясь, он сказал: "Не осталось у меня больше такого святого старца. Ему же буди вечная память". Одним из замечательных памятников жизни и деятельности святителя Митрофана является его Духовное завещание. В нем говорится: "Судьбами Божиими дошел я до состарения и ныне изнемогаю естественной моею силою. Сего ради судил я написать сие последнее мое писание... Когда душа моя грешная разрешится от союза плоти, вручаю ее благоутробию Премудрого Бога, ее создавшего, да приимет ее милостиво, как дело рук Своих, а кости грешные предаю матери всех, чая оттуда воскресения мертвых". Далее, обращаясь к пастырям и пасомым, святитель говорит: "Простец согрешивший за одну только свою душу даст ответ Богу, а иереи будут истязаны за многих, как нерадевшие о овцах, с которых собирали млеко и волну (шерсть)... Для всякого человека таково правило мудрых мужей: употреби труд, храни мерность - богат будеши; воздержно пий, мало яждь - здрав будеши; твори благо, бегай злаго - спасен будеши". Память святителю Митрофану установлена в 1832 году.