Побуждаемые благоговейным почитанием памяти святителя в Синод с ходатайством о скорейшем прославлении епископа Софрония, как угодника Божия, обращались иерархи, светские власти, православный верующий народ. В 1909 году в Иркутске состоялся Миссионерский съезд, который своим постановлением выразил усердное желание ходатайствовать о прославлении святителя Софрония перед Святейшим Синодом. В следующем году 19 марта иркутский архиепископ Тихон (Донебин) обратился в Синод со своим личным ходатайством. В 1914 году архиепископ Иркутский Серафим сделал Синоду подробный доклад о житии и чудесах, исходящих от нетленных мощей святителя Софрония. То же стремление выразило пастырское собрание духовенства Иркутска. Городская Дума и Городская управа в своем представлении губернатору также просили поддержать ходатайство.

Пожелание скорейшего прославления владыки было выражено 48-м епархиальным съездом духовенства Иркутской епархии. Однако Господь судил благовременным прославление святителя лишь в 1918 году. Но прежде чем произошло это радостное и долгожданное событие, вера почитателей памяти святителя, как золото. подверглось испытанию. Цельбоносные мощи святителя продолжали покоиться в Казанском приделе Иркутского Богоявленского собора до 18 апреля 1917 года. Божиим попущением в этот день от неизвестной причины в храме произошел пожар, уничтоживший гробницу и нетленные мощи святителя Софрония. Знаменательно, что это событие совпало со днем хиротонии святителя, бывшем в 1753 году, и с новым праздником будущей безбожной власти — первомаем (18 апреля по старому стилю), в то время уже достаточно широко и по-своему празднуемым — с пьянками, драками и «красными петухами», как тогда называли пожары. Но горе утраты мощей святителя не только не умалило почитания его памяти, на что надеялся лукавый, наблюдавший со стороны за плодами своей деятельности, наоборот. Верующие чада Церкви объединились в союз православных христиан, имеющий целью ограждать неприкосновенность святынь православия, защищать их от поругания врагами Церкви.

Особая комиссия из духовных лиц, мирян, представителей судебной власти, экспертов-медиков и одного химика освидетельствовала прах и кости святителя, сохранившиеся после пожара, и благоговейно сложила останки в специальный ковчежец. Начался новый период земной славы святителя.

Сразу после пожара во много раз выросло число его почитателей, увеличилось количество панихид, уже перед ковчежцем. По рукам богомольцев и раньше ходили подписные листы с требованием скорейшего прославления угодника Божия, теперь их количество значительно увеличилось. Выросло число заявлений о новых чудесах и знамениях, совершившихся по молитвенному предстательству святителя, причем многие из тех, кто пережил подобное чудесное явление, свидетельствовали об этом на Иркутском епархиальном съезде перед всеми собравшимися. В адрес съезда поступили обращения из других епархий с поддержкой стремления иркутян к прославлению святителя Софрония. Обращения поступали не только из Сибири, но и из далекой Тверской, Киевской и других епархий. Иркутский епархиальный съезд постановил возбудить ходатайство через высокопреосвященного архиепископа Иоанна и избранных представителей от епархии об ускорении дела о всеобщем прославлении третьего епископа Иркутского и причислении его к лику святых. Это ходатайство перед Святейшим Синодом было возбуждено и передано оттуда в совет Всероссийского Священного Собора. Кроме донесения высокопреосвященного Иоанна Иркутского Собору были представлены все обращения и заявления с описанием чудес, проверенных специальной комиссией, листы с подписями свыше 18 000 человек, отзывы участников Собора, врачей Клевезаля и Волобуева о некоторых наиболее ярких случаях чудесных исцелений по молитвам святителя на основании показа данных под присягой. Воздав хвалу дивному во святых Своих Господу Богу, благоволившему явить нового светильника Церкви Российской как новое и великое знамение Своих благодеяний Православной Церкви и народу русскому, и приняв во внимание, что все предварительные акты, требуемые установившимися обычаями Православной Русской Церкви относительно канонизации угодников Божиих, уже исполнены, Собор епископов нашел благовременным осуществить благочестивое желание многочисленных почитателей памяти в Бозе почившего святителя Софрония. Деяниями Собора было определено: совершить прославление святителя Софрония, третьего епископа Иркутского, причислив его к лику святых угодников Божиих, чествуемых Православной Церковью; священные останки святителя, собрав в ковчежец, вложить в раку.

Само торжество прославления, сроки которого деяниями Собора было предложено определить Иркутскому архиерею самому, сообразуясь с мнением Патриарха и местными условиями, ориентировочно планировалось на 30 июня — таково было мнение преосвященного Иоанна, архиепископа Иркутского и Верхоленского. Вместе с тем, в адрес Патриарха и Синода поступила записка от причта Иркутского кафедрального собора с просьбой отложить торжество погребения святителя по крайней мере до 8 октября. Основания приводились действительно веские.