Святителем прилагалось всяческое старание к открытию новых приходов, снабжению церквей приличной утварью, ризницей, устройству колокольного звона, лучшей постановке в церквах пения.

Очень любил святитель уставную службу, сам часто служил и всегда заботился о благолепии и торжественности богослужения, располагавших сердца молящихся к умилению, своим примером наставляя духовенство к красоте и возвышенности службы. Этому способствовало и святительское облачение владыки, дотоле богомольцами не виданное. Ему первому из иркутских епископов при хиротонии дарована была привилегия совершать богослужение в саккосе. До этого епископы служили в обыкновенных священнических ризах.

Архипастырские труды владыки сочетались с истинно подвижническим образом его жизни. Питался он скудно, спал на какой-нибудь коже на полу, непрестанно молился и никогда не пропускал монашеское молитвенное правило. До дня своей кончины подвизался он подвигом отца, любящего свою паству. Щедрость святителя Софрония не знала границ. Всего себя отдавал он делу благотворения — не съедал куска, не поделившись с кем-либо. Его жилище и весь Вознесенский монастырь были переполнены больными, бездомными, сиротами. И подлинно, от такой любви воспламенялись сердца пасомых: не он искал людей, нуждающихся в православном просвещении, а сами они, без различия племен и веры, шли к нему тысячами и отдавали свои души и сердца, умножая собою стадо Христово.

Семнадцать лет горел светильник веры на свечнице Иркутской церкви, освещая пастве путь в Царствие Небесное, но Господу было угодно забрать душу святителя Софрония, дабы его нетленными останками явить миру Свою славу. Земной подвиг святителя закончился 30 марта 1771 года во втором часу по полудни. «Будучи одержим немалое время внутреннею жестокою болезнию», незабвенный святитель скончался.

Первое чудо явлено было по его успении. После кончины, пришедшейся на второй день Святой Пасхи, прикрытый крышкой гроб с телом святителя целых шесть месяцев и десять дней простоял поверх пола в устроенном им Казанском приделе Иркутского собора. И лишь 8 октября 1771 года состоялось предание его земле. Все это время тело оставалось нетленным, что вместе с подвигом христианской добродетели, бывшими у всех в памяти, убедило жителей Иркутска в святости почившего иерарха. И вскоре же от гроба святителя начались чудеса и исцеления больных, с верою обращавшихся к нему о молитвенной помощи. Таких чудес, только записанных и проверенных, еще до канонизации святителя насчитывалось шестьдесят восемь.

Сколько незримой благодатной помощи подавалось страждущим душой и телом после молитвы на могиле святителя! Гробница его в Иркутском Богоявленском соборе служила пристанищем для скорбящих, неугасимым алтарем для их молитв, возносимых ежедневно. Год от года увеличивалось число молящихся у гроба святителя. К его могиле стали приходить не только жители Иркутска и Забайкалья, но и страждущие и больные со всей Сибири.

Росту почитания святителя способствовали еще и результаты неоднократных освидетельствований его святых мощей, имевших место: в 1833 году, при архиепископе Мелетии (при вскрытии пола в Казанском приделе); в 1854 году, при архиепископе Ниле (также при переделке соборного пола); в 1870 году, при архиепископе Парфении, на этот раз уже особой комиссией (во время капитального ремонта); в 1887 году, при архиепископе Венеамине.

8 марта 1909 года особой комиссией в составе архиепископа Тихона, епископа Иоанна Киренского, викария Иркутской епархии, ректора Иркутской семинарии архимандрита Евгения, миссионера-проповедника протоиерея Иоанна Восторгова, командированного Синодом, и членов местного кафедрального собора было произведено официальное освидетельствование останков святителя, причем обнаружилось следующее: через сто тридцать восемь лет, несмотря на близость к воде (рядом протекает река Ангара), несмотря на постоянную сырость в пещере и под полами собора, особенно в летнее время, гроб, одеяние и тело святителя Софрония сохранились нетленными. Во время досмотра, продолжавшегося около двух часов, некоторыми из присутствующих ощущалось благоухание от мощей святителя.

19 июня 1909 года состоялось второе официальное освидетельст-вование мощей комиссией в составе архиепископа Тихона, кафедрального протоиерея Фивейского, ключаря Верномудрова, иеромонаха Прокопия. И вновь все было найдено в том же виде и состоянии, что и при осмотре 1909 года. Результаты досмотра не могли не сделаться достоянием гласности благочестивых почитателей святителя Софрония и еще более воспламенили веру в его святость и надежду на скорое его земное прославление.