В подборе кандидатов в священники святителю Софронию весьма помогла монгольская школа при Вознесенском монастыре. Святитель Софроний перевел ее из монастырских стен в архиерейский дом, чтобы лично руководить ходом образования и воспитания будущих пастырей, увеличил количество преподаваемых в ней предметов и расширил их объем. Находил он время и для педагогической работы — сам преподавал в школе славянский и русский языки.

Для непосредственного знакомства с духовенством обширной Иркутской епархии святитель «не нуждою, но волею и по Бозе» усердно посещал самые отдаленные от Иркутска города: Нерчинск, Якутск, Киренск. Целые месяцы, не жалея себя, проводил он в пути, часто передвигаясь по сибирским дебрям верхом на лошадях. Конечно, встречи с паствой, никогда прежде не видавшей архиереев, а тем более архиерейской службы, оказывала на нее глубокое воспитательное воздействие. Святитель входил в самое тесное общение со священниками и мирянами, все хотел видеть своими глазами, награждал усердных служителей, смещал негодных.

Семилетнее вдовство Иркутской кафедры отрицательно сказалось и на миссионерской деятельности. Восстанавливая кафедру, святитель составил и разослал по епархии увещательное послание, предписав закащикам (благочинным) следующее: «Призывать всем священникам идоляторов (идолопоклонников) к познанию Истиннаго Бога: принявших святое крещение учить вере и правым догматам как возможно кратко, применяясь к деяниям апостольским; желающих крестили бы, начальнейших людей учили бы грамоте и показывали, что есть закон христианский.

Доносили бы о принявших святое крещение в светскую команду для дарования льготы от ясака, и в консисторию для сведения, и новокрещенным давали бы от себя билет.

Принявших крещение увещевать, чтобы к шаманам не ходили, учения их не слушали, идолов не имели и не кланялись им.

Повседневно продолжительных молений не полагали бы, только бы по четвертой заповеди в праздники собирались, а повседневно — по утру и, ложась спать, краткими молитвами молились; и молитвы те, аще возможно, перевесть на их язык и, главнее всего, молитву пред начатием дела, молитву Господню и Пресвятой Богородице.

Посты с различением брашен не налагались бы, но учили бы при каких ни на есть брашнях всегдашнего воздержания, и сказывали бы, что объядение и пьянство — великий грех есть.

Увещали бы, что на всякий год в определенное время, при воздержании от плотоугождения и при искренней (как возможно) исповеди, причащались Пречистых Таин, и чтобы они к таковому великому таинству имели желание, с верою и надеждою оставления своих грехов.

Больных, а наипаче в нечаянии живота, увещевали бы и причащением сподобляли, хотя и без алкания.

О делах милосердия учили бы, чтоб всяк от имения своего подавал всякому брату неимущему.

Смотрели бы, чтобы новокрещенные не держались шаманства, волшебства, чародейства и колдовства, примет счастья, всиречи словесных и бессловесных и прочаго суеверия.

По приобщении святых Таин наказывали бы новокрещенным, дабы жили благоговейно, воздержно, яко христианам прилично.

Проведывали бы, не имеют ли новокрещенные двух жен, и кто имеет таковых, разлучали бы и велели бы жить с единою женою, с которою пожелает, повенчав их и наказав жить воздержанно и целомудренно.

О препятствующих проповеди среди идоляторов доносить кому следует.

Не желающим святого крещения, после обращения и увещевания принуждения не чинить и никаких угроз не делать, понеже христианской проповеди надлежит любовь со смирением, кротостию и тихостию, понеже сердце человеческое насильствуемо быть не может».

Мягкое и сердечное послание святителя Софрония оживило состояние миссии. Но положение новокрещенных было тяжелым. Сородичи смотрели на них как на отщепенцев. Поэтому многие из обращенных ко Христу уходили из своих семей и поступали в услужение к русским или жили у воспреемников. Но были случаи, когда непривычные условия новой жизни и тоска заставляли их убегать в свои родные улусы. Появились следственные дела «о оказавшихся из новокрещенных в свои улусы побегах». Всевозможные меры, принимавшиеся духовенством к насаждению новокрещенных от языческого влияния, были не всегда эффективны. И использовать здесь силу святитель воспрещал. Так, им было отказано в посылке на Байкал отряда казаков, «для сыску беглых новокрещенных, дабы казаки не могли братским обид и разорения произвести».

Благоукрашая Церковь изнутри, что выражалось в неусыпной заботе о пастве и пастырях, святитель много сил и энергии тратил на благоукрашение Церкви извне — строительство новых домов. В Вознесенском монастыре был сооружен каменный соборный храм во имя Вознесения Господня, в который в 1805 году были перенесены мощи святителя Иннокентия, в Знаменском женском монастыре сооружен каменный храм во имя Знамения Божией Матери. В самом городе построены были четыре храма, и при Богоявленском соборе устроен придел во имя Казанской иконы Божией Матери, в котором впоследствии был погребен сам строитель — святитель Софроний. Построен был также каменный архиерейский дом с каменной же вокруг него оградой. Консистория, помещавшаяся в Вознесенском монастыре, была переведена в Иркутск, в новое здание.