Смерть владыки Иоанна провидел находившийся в тот день далеко от Тобольска, в Кондинском крае, его предшественник и преемник митрополит Филофей. Он сказал своим спутникам: «Брат наш Иоанн успе. Прейдем отсюда».

Убедился народ в святости своего митрополита и тогда, когда тело его, не будучи предано земле (пришлось долго ждать возвращения из миссионерской поездки святителя Филофея), долго оставалось нетленным.

Не сразу бренные останки святителя оказались в месте, где им предстояло ожидать всеобщего воскресения. Первоначально они находились в Успенском соборе, в приделе Антония и Феодосия Киево-Печерских. Через двадцать шесть лет, после перестроек, могила его оказалась под открытым небом, что очень беспокоило почитателей его памяти, да и сам владыка Иоанн выказывал недовольство, являясь Тобольским архиереям. Тогда над его могилой был сооружен придельный храм во имя ангела святителя — Иоанна Златоуста. В 1826 году архиепископ Тобольский Евгений (Казанцев) писал: «Митрополиту Иоанну (Максимовичу) здесь такая велика вера, что многие носятся чудеса, и что даже самый сей придел построен в честь его будто бы исцелившимся от него». Этим же письмом архиепископ Евгений просил разрешения перенести гроб святителя «в виду плохого состояния придела». Спустившись с духовенством в склеп, архиепископ обнаружил останки святителя покоившимися в совершенно целом гробу; клобук и мантия также оказались нетронутыми временем.

Со дня успения святителя чудеса, истекавшие от его святых мощей, не прекращали радовать всех с верой притекавших, и до настоящего времени не прекращаются. Соборным тобольским духовенством записано много случаев благодатной помощи святителя Иоанна. Это побудило произвести освидетельствование его останков. 21 января 1916 года по докладу Святейшего Синода святитель Иоанн был причислен к лику угодников Божиих, а его нетленные останки признаны святыми мощами. Свято чтит земная Церковь святителя Иоанна, молитвенно воспоминая память его вкупе со всем Собором Сибирских святых.

В настоящее время святые мощи митрополита Иоанна почивают в Тобольском соборе в приделе, посвященном его имени. И богомольцы со всей Сибири и из других уголков православной России идут со своими нуждами к раке святителя и получают благодатное утешение по молитвам его.

«Святым, иже суть на земли Его, удиви Господь вся хотения своя в них» (Пс. 15, 3). Воля Божия нашла в жизни святителя великое осуществление, поэтому образ его, как великого постника и молитвенника, невольно влечет людей к подражанию.