Господь наградил Своего угодника даром прозорливости и исцелений. Некто Феодор, поступив в обитель из любви к преподобному, потом так возненавидел его, что не мог смотреть на святого и порывался уйти из обители. Он пришел в келлию преподобного Кирилла и, взглянув на его седины, не мог от стыда выговорить ни слова. Преподобный сказал ему: "Не скорби, брат мой, все ошибаются во мне, ты один знаешь правду и все мое недостоинство; я действительно непотребный грешник". Затем преподобный Кирилл благословил Феодора и прибавил, что он более не будет смущаться помыслом; с тех пор Феодор спокойно жил в обители.

Однажды недостало вина для Божественной литургии, и пономарь сказал об этому святому. Преподобный Кирилл велел принести к нему пустой сосуд, который оказался полным вина. Во время голода преподобный Кирилл раздавал хлеб всем нуждавшимся, и он не кончался, несмотря на то, что обычно запасов едва хватало для братии.

Преподобный укротил бурю на озере, которая угрожала рыбакам, предсказал, что никто из братии не умрет до его кончины, несмотря на то, что свирепствовал мор, а после многие пойдут вслед за ним.

Свое последнее Богослужение преподобный совершил в день Святой Троицы. Завещав братии хранить любовь между собой, преподобный Кирилл блаженно почил на 90-м году своей жизни 9 июня 1427 года в день памяти тезоименного ему святителя Кирилла, архиепископа Александрийского. В первый же год по смерти преподобного из 53 человек братии скончались 30. Оставшимся преподобный часто являлся во сне с поддержкой и наставлением.

Преподобный Кирилл любил духовное просвещение и привил эту любовь своим ученикам. По описи 1635 года в монастыре числилось более 2 тысяч книг, среди них 16 "чудотворца Кирилла". Замечательными образцами духовного наставничества и руководства, любви, миролюбия и утешения являются дошедшие до нас три послания преподобного русским князьям.

Общерусское почитание преподобного началось не позднее 1447 - 1448 годов. Житие святого Кирилла было написано по поручению митрополита Феодосия и великого князя Василия Васильевича иеромонахом Пахомием Логофетом, который прибыл в Кириллов монастырь в 1462 году и застал многих очевидцев и учеников преподобного Кирилла, в том числе и преподобного Мартиниана (память 12 января), управлявшего тогда Ферапонтовым монастырем.