С великой княгиней поехали две сестры — Варвара Яковлева и Екатерина Янышева. Перед тем, как сесть в машину, настоятельница осенила всех крестным знамением.

Узнав о случившемся, патриарх Тихон пытался через различные организации, с которыми считалась новая власть, добиться освобождения великой княгини. Но старания его оказались тщетными. Все члены императорского дома были обречены.

Елисавету Феодоровну и ее спутниц направили по железной дороге в Пермь.

Последние месяцы своей жизни великая княгиня провела в заключении, в школе, на окраине города Алапаевска, вместе с великим князем Сергеем Михайловичем (младшим сыном великого князя Михаила Николаевича, брата императора Александра II), его секретарем — Феодором Михайловичем Ремезом, тремя братьями — Иоанном, Константином и Игорем (сыновьями великого князя Константина Константиновича) и князем Владимиром Палеем (сыном великого князя Павла Александровича). Конец был близок. Матушка-настоятельница готовилась к этому исходу, посвящая все время молитве.

Сестер, сопровождающих свою настоятельницу, привезли в Областной совет и предложили отпустить на свободу. Обе умоляли вернуть их к великой княгине, тогда чекисты стали пугать их пытками и мучениями, которые предстоят всем, кто останется с ней. Варвара Яковлева сказала, что готова дать подписку даже своей кровью, что желает разделить судьбу с великой княгиней. Так крестовая сестра Марфо-Мариинской обители Варвара Яковлева сделала свой выбор и присоединилась к узникам, ожидавшим решения своей участи.

Глубокой ночью 5 (18) июля 1918 г., в день обретения мощей преподобного Сергия Радонежского, великую княгиню Елисавету Феодоровну вместе с другими членами императорского дома бросили в шахту старого рудника. Когда озверевшие палачи сталкивали великую княгиню в черную яму, она произносила молитву, дарованную Распятым на Кресте Спасителем мира: «Господи, прости им, ибо не знают, что делают» (Лк. 23. 34). Затем чекисты начали бросать в шахту ручные гранаты. Один из крестьян, бывший свидетелем убийства, говорил, что из глубины шахты слышалось пение Херувимской. Ее пели новомученики Российские перед переходом в вечность. Скончались они в страшных страданиях, от жажды, голода и ран.

Великая княгиня упала не на дно шахты, а на выступ, который находился на глубине 15 метров. Рядом с ней нашли тело Иоанна Константиновича с перевязанной головой. Вся переломанная, с сильнейшими ушибами, она и здесь стремилась облегчить страдания ближнего. Пальцы правой руки великой княгини и инокини Варвары оказались сложенными для крестного знамения.

Останки настоятельницы Марфо-Мариинской обители и ее верной келейницы Варвары в 1921 году были перевезены в Иерусалим и положены в усыпальнице храма святой равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании.

В 1931 году, накануне канонизации новомучеников российских Русской Православной Церковью за границей, их гробницы решили вскрыть. Вскрытие производила в Иерусалиме комиссия во главе с начальником Русской Духовной Миссии архимандритом Антонием (Граббе). Гробницы новомучениц поставили на амвон перед Царскими вратами. По промыслу Божию случилось так, что архимандрит Антоний остался один у запаянных гробов. Неожиданно гроб великой княгини Елисаветы открылся. Она встала и подошла к отцу Антонию за

благословением. Потрясенный отец Антоний дал благословение, после чего новомученица вернулась в свой гроб, не оставив никаких следов. Когда открыли гроб с телом великой княгини, то помещение наполнилось благоуханием. По словам архимандрита Антония, чувствовался «сильный запах как бы меда и жасмина». Мощи новомучениц оказались частично нетленными.

Патриарх Иерусалимский Диодор благословил совершить торжественное перенесение мощей новомучениц из усыпальницы, где они до этого находились, в самый храм святой Марии Магдалины. Назначили день 2 мая 1982 г. — праздник святых Жен Мироносиц. В этот день за богослужением употреблялись Святая Чаша, Евангелие и воздухи, преподнесенные храму самой великой княгиней Елисаветой Феодоровной, когда она была здесь в 1886 году.

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви в 1992 году причислил к лику святых новомучеников России (их имена Ты, Господи, веси) преподобномученицу великую княгиню Елизавету и инокиню Варвару, установив им празднование в день кончины — 5 (18) июля.