В годы первой мировой войны трудов у великой княгини прибавилось: необходимо было ухаживать за ранеными в лазаретах. Часть сестер обители была отпущена для работы в полевом госпитале. Первое время Елисавета Феодоровна, побуждаемая христианским чувством, навещала и пленных немцев, но клевета о тайной поддержке противника заставила ее отказаться от этого.

В 1916 году к воротам обители подошла разъяренная толпа с трсбованием выдать германского шпиона — брата Елисаветы Феодоровны, якобы скрывавшегося в обители. Настоятельница вышла к толпе одна и предложила осмотреть все помещения общины. Господь не допустил погибнуть ей в этот день. Конный отряд полиции разогнал толпу.

Вскоре после Февральской революции к обители снова подошла толпа с винтовками, красными флагами и бантами. Сама настоятельница открыла ворота — ей объявили, что приехали, чтобы арестовать ее и предать суду как немецкую шпионку, к тому же хранящую в монастыре оружие.

На требование пришедших немедленно ехать с ними, великая княгиня сказала, что должна сделать распоряжения и проститься с сестрами. Настоятельница собрала всех сестер в обители и попросила отца Митрофана служить молебен. Потом, обратясь к революционерам, пригласила войти их в церковь, но оставить оружие у входа. Они нехотя сняли винтовки и последовали в храм.

Весь молебен Елисавета Феодоровна простояла на коленях. После окончания службы она сказала, что отец Митрофан покажет им все постройки обители, и они могут искать то, что хотят найти. Конечно, ничего там не нашли, кроме келий сестер и госпиталя с больными. После ухода толпы Елисавета Феодоровна сказала сестрам: «Очевидно мы недостойны еще мученического венца».

Весной 1917 года к ней приехал шведский министр по поручению кайзера Вильгельма и предложил ей помощь в выезде за границу. Елисавета Феодоровна ответила, что решила разделить судьбу страны, которую считает своей новой родиной и не может оставить сестер обители в это трудное время.

Никогда не было за богослужением в обители столько народа как перед октябрьским переворотом. Шли не только за тарелкой супа или медицинской помощью, сколько за утешением и советом «великой матушки». Елисавета Феодоровна всех принимала, выслушивала, укрепляла. Люди уходили от нее умиротворенными и ободренными.

Первое время после октябрьского переворота Марфо-Мариинскую обитель не трогали. Напротив, сестрам оказывали уважение, два раза в неделю к обители подъезжал грузовик с продовольствием: черный хлеб, вяленая рыба, овощи, немного жиров и сахара. Из медикаментов выдавали в ограниченном количестве перевязочный материал и лекарства первой необходимости.

Но все вокруг были напуганы, покровители и состоятельные дарители теперь боялись оказывать помощь обители. Великая княгиня во избежание провокации не выходила за ворота, сестрам также было запрещено выходить на улицу. Однако установленный распорядок дня обители не менялся, только длиннее стали службы, горячее молитва сестер. Отец Митрофан каждый день служил в переполненной церкви Божественную Литургию, было много причастников. Некоторое время в обители находилась чудотворная икона Божией Матери Державная, обретенная в подмосковном селе Коломенском в день отречения императора Николая П от престола. Перед иконой совершались соборные моления.

После заключения Брест-Литовского мира германское правительство добилось согласия советской власти на выезд великой княгини Елисаветы Феодоровны за границу. Посол Германии граф Мирбах дважды пытался увидеться с великой княгиней, но она не приняла его и категорически отказалась уехать из России. Она говорила: «Я никому ничего дурного не сделала. Буди воля Господня!»

Спокойствие в обители было затишьем перед бурей. Сначала прислали анкеты — опросные листы для тех, кто проживал и находился на лечении: имя, фамилия, возраст, социальное происхождение и т.д. После этого были арестованы несколько человек из больницы. Затем объявили, что сирот переведут в детский дом. В апреле 1918 года, на третий день Пасхи, когда Церковь празднует память Иверской иконы Божией Матери, Елисавету Феодоровну арестовали и немедленно вывезли из Москвы. В этот день святейший патриарх Тихон посетил Марфо-Мариинскую обитель, где служил Божественную Литургию и молебен. После службы патриарх до четырех часов дня находился в обители, беседовал с настоятельницей и сестрами. Это было последней благословение и напутствие главы Российской Православной Церкви перед крестным путем великой княгини на Голгофу.

Почти сразу после отъезда патриарха Тихона к обители подъехала машина с комиссаром и красноармейцами-латышами. Елисавете Феодоровне приказали ехать с ними. На сборы дали полчаса. Настоятельница успела лишь собрать сестер в церкви святых Марфы и Марии и дать им последнее благословение. Плакали все присутствующие, зная, что видят свою мать и настоятельницу в последний раз. Елисавета Феодоровна благодарила сестер за самоотверженность и верность и просила отца Митрофана не оставлять обители и служить в ней до тех пор, пока это будет возможным.