9 марта арестованного накануне Императора перевозят в Царское Село, где его с нетерпением ждала вся семья. Начался почти пятимесячный период неопределенного пребывания в Царском Селе. Дни проходили размеренно — в регулярных богослужениях, совместных трапезах, прогулках, чтении и общении с родными людьми. Однако при этом жизнь узников подвергалась мелочным стеснениям — Государю было объявлено А. Ф. Керенским, что он должен жить отдельно и видеться с Государыней только за столом, причем разговаривать только по-русски. Караульные солдаты в грубой форме делали ему замечания, доступ во дворец близких Царской семье лиц воспрещался. Однажды солдаты даже отняли у Наследника игрушечное ружье под предлогом запрета носить оружие.

Отец Афанасий Беляев, регулярно совершавший в этот период богослужения в Александровском дворце, оставил свои свидетельства о духовной жизни царскосельских узников. Вот как проходила во дворце служба утрени Великой пятницы 30 марта 1917 года. «Служба шла благоговейно и умилительно... Их Величества всю службу слушали стоя. Перед ними были поставлены складные аналои, на которых лежали Евангелия, так что по ним можно было следить за чтением. Все простояли до конца службы и ушли через общее зало в свои комнаты. Надо самому видеть и так близко находиться, чтобы понять и убедиться, как бывшая царственная семья усердно, по-православному, часто на коленях, молится Богу. С какою покорностью, кротостью, смирением, всецело предав себя в волю Божию, стоят за богослужением».

На следующий день вся семья исповедовалась. Вот как выглядели комнаты царских детей, в которых совершалось Таинство исповеди: «Какие удивительно по-христиански убранные комнаты. У каждой княжны в углу комнаты устроен настоящий иконостас, наполненный множеством икон разных размеров с изображением чтимых особенно святых угодников. Перед иконостасом складной аналой, покрытый пеленой в виде полотенца, на нем положены молитвенники и богослужебные книги, а также Святое Евангелие и крест. Убранство комнат и вся их обстановка представляют собой невинное, не знающее житейской грязи, чистое, непорочное детство. Для выслушивания молитв перед исповедью все четверо детей были в одной комнате...»

«Впечатление [от исповеди] получилось такое: дай, Господи, чтобы и все дети нравственно были так высоки, как дети бывшего Царя. Такое незлобие, смирение, покорность родительской воле, преданность безусловная воле Божией, чистота в помышлениях и полное незнание земной грязи — страстной и греховной, — пишет отец Афанасий, — меня привели в изумление, и я решительно недоумевал: нужно ли напоминать мне как духовнику о грехах, может быть, им неведомых, и как расположить к раскаянию в известных мне грехах».

Доброта и душевное спокойствие не оставляли Императрицу даже в эти самые трудные после отречения Государя от престола дни. Вот с какими словами утешения обращается она в письме к корнету С. В. Маркову: «Вы не один, не бойтесь жить. Господь услышит наши молитвы и Вам поможет, утешит и подкрепит. Не теряйте Вашу веру, чистую, детскую, останьтесь таким же маленьким, когда и Вы большим будете. Тяжело и трудно жить, но впереди есть Свет и радость, тишина и награда все страдания и мучения. Идите прямо вашей дорогой, не глядите направо и налево, и если камня не увидите и упадете, не страшитесь и не падайте духом. Поднимитесь снова и идите вперед. Больно бывает, тяжело на душе, но горе нас очищает. Помните жизнь и страдания Спасителя, и ваша жизнь покажется вам не так черна, как думали. Цель одна у нас, туда мы все стремимся, да поможем мы друг другу дорогу найти. Христос с Вами, не страшитесь».

В дворцовой Церкви или в бывших царских покоях отец Афанасий регулярно совершал всенощную и Божественную литургию, за которыми всегда присутствовали все члены Императорской семьи. После дня Святой Троицы в дневнике отца Афанасия все чаще и чаще появляются тревожные сообщения — он отмечает растущее раздражение караульных, доходящих порой до грубости по отношению к Царской семье. Не остается без его внимания и душевное состояние членов Царской семьи — да, все они страдали, отмечает он, но вместе со страданиями возрастали их терпение и молитва. В своих страданиях стяжали они подлинное смирение — по слову пророка: Скажи царю и царице: смиритесь... ибо упал с головы вашей венец славы вашей (Иер. 13, 18).

«...Ныне смиренный раб Божий Николай, как кроткий агнец, доброжелательный ко всем врагам своим, не помнящий обид, молящийся усердно о благоденствии России, верующий глубоко в ее славное будущее, коленопреклоненно, взирая на крест и Евангелие... высказывает Небесному Отцу сокровенные тайны своей многострадальной жизни и, повергаясь в прах пред величием Царя Небесного, слезно просит прощения в вольных и невольных своих прегрешениях», — читаем мы в дневнике отца Афанасия Беляева.

В жизни Царственных узников тем временем назревали серьезные изменения. Временное правительство назначило комиссию по расследованию деятельности Императора, но несмотря на все старания обнаружить хоть что-то, порочащее Царя, ничего не нашли — Царь был невиновен. Когда невиновность его была доказана и стало очевидно, что за ним нет никакого преступления, Временное правительство вместо того, чтобы освободить Государя и его Августейшую супругу, приняло решение удалить узников из Царского Села. В ночь на 1 августа они были отправлены в Тобольск — сделано это было якобы ввиду возможных беспорядков, первой жертвой которых могла сделаться Царская семья. На деле же тем самым семья обрекалась на крест, ибо в это время дни самого Временного правительства были сочтены.