Вскоре праведный суд Божий свершился и над Тушинским вором: его постигла столь же печальная и бесславная участь, как и предшественника; он был убит собственными приближенными 11 декабря 1610 года. Но Москва продолжала оставаться в опасности, так как в ней находились поляки и изменники-бояре, преданные Сигизмунду III. Грамоты, рассылавшиеся Патриархом Ермогеном по городам и селам, возбуждали русский народ к освобождению Москвы от врагов и избранию законного русского царя. Москвичи подняли восстание, в ответ на которое поляки подожгли город, а сами укрылись в Кремле. Совместно с русскими изменниками они насильно свели святого Патриарха Ермогена с Патриаршего престола и заключили в Чудовом монастыре под стражу. В Светлый понедельник 1611 года русское ополчение подошло к Москве и начало осаду Кремля, продолжавшуюся несколько месяцев. Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Патриарху послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая при этом ему смертной казнью. Святитель твердо отвечал: «Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, если же останетесь здесь, я благословлю всех стоять против вас и помереть за Православную веру». Уже из заточения священномученик Ермоген обратился с последним посланием к русскому народу, благословляя освободительную войну против завоевателей. Но русские воеводы не проявили тогда единодушия и согласованности, поэтому не смогли взять Кремль и освободить своего Первосвятителя. Более девяти месяцев томился он в тяжком заточении и 17 февраля 1612 года скончался мученической смертью от голода.

Освобождение России, за которое с таким несокрушимым мужеством стоял святитель Ермоген, успешно завершилось по его предстательству русским народом. Тело священномученика Ермогена было погребено в Чудовом монастыре, а в 1654 году перенесено в Московский Успенский собор. Прославление Патриарха Ермогена в лике святителей совершилось 12 мая 1913 года. Память его также празднуется 17 февраля.